结论前置：
详细分析：
首先，从一般的法律原则出发，当法院就债务债权纠纷作出判决后，债务人（即甲方）应当按照判决指定的方式和期限向债权人（即你）履行还款义务。这是基于判决的既判力和执行力，债务人必须遵守。因此，在未经你同意的情况下，甲方擅自将款项支付给第三方，显然违反了法院的判决，也侵犯了你的合法权益。这种行为可能构成违约，你有权要求甲方继续履行还款义务，并可能追究其违约责任。
然而，也存在一些特殊情况，使得甲方支付给第三方可能是合法的。例如：
债权转让：如果你与甲方之间存在合法有效的债权转让协议，并且该协议已经通知了债务人（甲方），或者债务人（甲方）已经明确表示同意债权转让，那么甲方按照债权转让协议的约定向第三方支付款项就是合法的。但这种情况需要严格的法律程序和证据支持，不是甲方单方面可以决定的。
法院指定收款：在某些特殊情况下，法院可能会根据案件的具体情况，指定第三方作为收款人。这种情况下，甲方按照法院的指定向第三方支付款项也是合法的。但这种情况非常罕见，且需要法院的明确指示和证据支持。
法律建议：
如果你发现甲方未经你同意将款项支付给了第三方，你应当立即与甲方取得联系，要求其说明情况并继续履行还款义务。
如果甲方拒绝履行还款义务或无法联系到甲方，你应当及时向法院申请强制执行，要求法院采取措施追回款项。
在处理此类纠纷时，建议你保留好所有相关的证据材料，如法院的判决书、与甲方的沟通记录等，以便在需要时提供给法院或律师作为证据。
可能的法律后果：
如果甲方未经你同意擅自将款项支付给第三方，且无法提供合法有效的理由或证据，那么甲方可能构成违约，需要承担违约责任，包括继续履行还款义务、支付违约金等。
如果甲方的行为构成恶意逃避债务或欺诈等违法行为，你还可能向公安机关报案，要求追究其刑事责任。
综上所述，甲方在法院判决后未经你同意将款项支付给第三方一般是不合法的。但存在一些特殊情况可能使得这种行为合法。在处理此类纠纷时，建议你根据具体情况采取相应的法律措施来维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。