针对您提出的“甲方是不是应该按总包与专业分包签订合同款支付分包进度款”的问题，我们可以从法律原则、合同条款以及实际操作模式等多个角度进行详细分析。
一、法律原则与合同相对性
首先，从法律原则出发，合同具有相对性。在总承包合同模式下，总承包合同是发包人（甲方）与总承包人之间的协议，而专业分包合同则是总承包人与分包单位之间的独立协议。根据《民法典》的相关规定，依法成立的合同仅约束缔约双方。因此，从法律原则上讲，分包单位的付款请求权通常针对总承包人，而非发包人（甲方）。
二、总承包人的法定责任
《建筑法》明确规定，建筑工程总承包单位可以将承包工程中的部分工程发包给具有相应资质条件的分包单位，并对分包工程的质量、进度和安全承担连带责任。这一规定隐含了总承包人对分包单位的管理义务，包括工程款支付。因此，在大多数情况下，专业分包的工程款应由总承包人直接支付给分包单位。
三、实际操作中的支付模式
在实际操作中，虽然存在多种支付模式，但由总承包人支付分包工程款仍是主流且合规的模式。具体来说：
标准模式：总承包人收到发包人款项后，按分包合同约定支付分包单位。这是最常见的支付方式，但需防范总承包人挪用资金导致分包单位索赔的风险。
发包人代付模式：在某些特殊情况下，如大型项目或政府工程中，总承包合同或补充协议中可能明确约定“发包人可直接向分包单位支付工程款”，且分包单位书面同意。但此类约定需确保三方书面确认，以避免重复计税或债务纠纷。
背靠背条款：分包合同中可能约定“以总承包人收到发包人款项为前提”的支付条款。但这种模式可能因发包人拖延付款而引发连锁诉讼，需谨慎使用。
四、建议与总结
对分包单位：在选择总承包人时，应优先选择信誉良好的企业，并在合同中明确付款时间节点及违约责任，以保障自身权益。
对总承包人：应加强资金管理，确保按时支付分包单位工程款，避免因发包人延迟付款导致自身陷入连环违约。
对发包人（甲方）：如需直接管理分包单位或参与支付过程，建议在总承包合同中增设三方协议条款，明确权责边界，以降低法律风险。
综上所述，从法律关系和风险控制角度出发，由总承包人支付分包工程款仍是主流且合规的模式。除非合同中有特别约定或法律另有规定，否则发包人（甲方）通常不直接按总包与专业分包签订的合同款支付分包进度款。