村支书不是村主任的情况下，是否能签协议需分情况讨论。
一、村支书是否有权代表村委会签协议
若村支书被授权：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，村委会作为适格的民事行为主体，有能力以自己名义对外签订合同。若村支书被村委会明确授权代表其签订协议，且该授权符合法定程序（如经村民会议或村民代表会议讨论通过），则村支书有权代表村委会签订协议，且该协议对村委会具有法律效力。
若村支书未被授权：
- 若村支书未被村委会授权代表其签订协议，则其无权以村委会名义签订协议。此时，若村支书擅自签订协议，可能构成无权代理，该协议对村委会不产生法律效力，除非村委会事后对该协议进行了追认。
二、协议内容是否合法有效
协议内容合法：
- 无论村支书是否有权代表村委会签订协议，若协议内容本身合法，不违反法律、行政法规的强制性规定，且双方意思表示真实，则该协议在符合其他生效要件的情况下，是合法有效的。
协议内容违法：
- 若协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，则该协议自始无效，无论村支书是否有权代表村委会签订。
三、特殊情形下的协议效力
涉及农村土地承包等特殊事项：
- 对于涉及农村土地承包等特殊事项的协议，根据《农村土地承包法》等相关法律法规的规定，可能需要事先经本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意，并报乡（镇）人民政府批准。若未履行这些法定程序，则协议可能无效或面临被撤销的风险。
村支书个人行为与村委会行为的区分：
- 需要明确的是，村支书作为个人，其签订协议的行为并不当然代表村委会。若村支书以个人名义签订协议，且该协议与村委会无关，则该协议仅对村支书个人产生法律效力。
四、建议与风险提示
明确授权程序：
- 为避免纠纷，村委会在授权村支书或其他人员代表其签订协议时，应明确授权范围、权限和期限，并履行必要的法定程序（如经村民会议或村民代表会议讨论通过）。
审查协议内容：
- 在签订协议前，应仔细审查协议内容，确保其合法、合规，并符合双方的真实意思表示。
及时追认或撤销：
- 若发现村支书擅自签订协议，村委会应及时作出追认或撤销的决定，以避免不必要的法律风险。
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