针对“烟草种植基地面积被挪用”的问题，核心前提是涉及土地使用权被侵犯或合同违约的情形，以下是具体处理建议：

1. 确认法律关系与证据收集
   首先需明确土地使用权的法律性质：

   • 若为承包经营权，需核查承包合同条款（如面积、用途、期限），确认是否存在违约或侵权行为；
     
   • 若为租赁关系，需审查租赁合同中关于土地用途、面积限制及违约责任的约定；
     
   • 若为集体土地分配，需依据《土地管理法》及地方政策，确认分配程序是否合法。
     关键证据：土地权属证书、承包/租赁合同、现场照片、挪用行为的证人证言、行政机关的处罚决定（如有）等。

2. 协商与行政投诉

   • 协商解决：优先与挪用方沟通，要求恢复原状或赔偿损失，可签订书面协议明确责任；
     
   • 行政投诉：若协商无果，向当地农业农村局、自然资源局或烟草专卖局举报，要求行政机关调查并责令整改。根据《烟草专卖法》及实施条例，擅自改变烟草种植用地用途可能面临行政处罚。

3. 民事诉讼途径
   若行政手段未能解决问题，可提起民事诉讼：

   • 案由选择：根据法律关系，可选择“土地承包经营权纠纷”“租赁合同纠纷”或“侵权责任纠纷”；
     
   • 诉讼请求：要求停止侵害、排除妨碍、返还土地、赔偿损失（包括直接损失如土地收益减少，及间接损失如可得利益损失）；
     
   • 举证要点：证明土地使用权归属、挪用行为的存在及损失计算依据。

4. 刑事责任风险
   若挪用行为涉及非法占用农用地（如改变土地用途导致耕地破坏），且达到刑事立案标准（如占用基本农田5亩以上或一般耕地10亩以上），可能触犯《刑法》第三百四十二条“非法占用农用地罪”。此时可向公安机关报案，追究刑事责任。

行动建议：

• 立即固定证据（如拍照、录像、保存书面材料）；
  
• 委托律师发送律师函，正式提出权利主张；
  
• 根据证据充分性及对方态度，选择行政投诉或民事诉讼；
  
• 若涉及刑事犯罪，同步向公安机关报案。
  

如有进一步细节（如合同条款、挪用方式等），可提供具体信息以便更精准分析。