被没收的烟价值超过20,000元，通常需根据具体违法情形，由执法机关依法处理，可能涉及行政处罚或刑事追责，具体处理方式需结合案件事实和法律规定综合判断。以下从行政和刑事两个角度展开分析：

一、行政处罚角度：若属一般违法，可能面临罚款、没收违法所得等处罚

根据《中华人民共和国烟草专卖法》及其实施条例，无烟草专卖零售许可证经营烟草制品零售业务，或销售非法生产的烟草制品的，由烟草专卖行政主管部门责令停止经营，没收违法所得，并处以罚款。若被没收的烟价值超过20,000元，通常属于“违法经营数额较大”的情形，执法机关可能：

1. 没收全部违法烟草制品：直接对查获的烟进行没收，这是最常见的处理方式；
2. 并处罚款：罚款金额通常为违法经营总额的20%-50%，具体比例由执法机关根据违法情节（如是否首次违法、是否配合调查等）裁量；
3. 若涉及无证经营：还可能责令停止经营业务，甚至吊销相关许可证（如有）。

关键点：行政处罚的目的是纠正违法行为，处罚力度与违法情节直接相关。若您能证明烟的来源合法（如有合法进货凭证），或存在从轻、减轻情节（如主动配合调查、未造成严重后果等），可向执法机关申请从轻处理。

二、刑事追责角度：若涉嫌犯罪，可能面临刑事处罚

若被没收的烟涉及更严重的违法行为（如走私、生产销售伪劣产品等），且价值超过法定标准，可能构成刑事犯罪：

1. 走私普通货物、物品罪：根据《刑法》第153条，走私烟草制品偷逃应缴税额在10万元以上的，处3年以上10年以下有期徒刑，并处罚金；若未达10万元但属多次走私，也可能被追责。此时，被没收的烟是犯罪证据，将随案移送司法机关；
2. 生产、销售伪劣产品罪：若烟是假冒伪劣产品，且销售金额达5万元以上，或未销售货值金额达15万元以上，根据《刑法》第140条，可处2年以下有期徒刑或拘役，并处或单处销售金额50%-2倍罚金。被没收的烟将作为物证，用于证明犯罪事实。

关键点：刑事犯罪的认定需严格符合犯罪构成要件（如主观故意、客观行为、危害后果等）。若您对执法机关的定性有异议（如认为烟是合法渠道购入、无走私或制假故意等），可及时委托律师介入，通过法律程序维护权益。

三、实务建议：根据案件阶段采取不同应对措施

1. 若案件尚在行政调查阶段：主动配合执法机关调查，提供烟的合法来源证明（如进货发票、供货方资质等），争取从轻处理；若对没收程序有异议（如未出具合法文书、未告知权利等），可依法申请行政复议或提起行政诉讼；
2. 若案件已进入刑事程序：尽快委托律师介入，了解案件细节（如烟的来源、价值认定方式、是否存在证据瑕疵等），制定辩护策略。例如，若烟的价值认定过高，可申请重新鉴定；若存在自首、立功等情节，可争取从宽处罚。

最后提醒：烟草制品属于专营专卖物品，经营需严格遵守法律法规。若您或您的亲友涉及此类问题，可直接向我咨询具体案件情况，我会结合证据和法律，为您提供专业分析。