若烟草行政处罚中没收的香烟已不存在（如灭失、损毁或被非法处置），处理方式需根据具体情况及行政处罚程序的要求进行，具体如下：

1. 行政处罚决定的合法性与执行
   烟草行政处罚决定一旦作出并生效，被处罚人应履行缴纳罚款、上缴违法所得及没收违法物品（如香烟）等义务。若香烟因被处罚人原因灭失或损毁（如私自销毁、转移），行政机关可依据《行政处罚法》第七十二条，采取以下措施：

   • 强制执行：若被处罚人未在规定期限内履行义务，行政机关可申请法院强制执行，包括追缴等值财物或罚款；
     
   • 证据固定：行政机关应通过现场检查记录、照片、视频等证据，证明香烟原存在及被没收的事实，避免因物品灭失导致处罚程序违法；
     
   • 责任追究：若被处罚人故意隐匿、转移或损毁被没收物品，可能构成“妨碍执行公务”，行政机关可依据《治安管理处罚法》第五十条，对其处警告或罚款；情节严重的，可处拘留。

2. 香烟灭失后的程序补救
   若香烟因不可抗力（如火灾、自然灾害）或行政机关保管不当灭失，需区分责任主体：

   • 行政机关责任：若因行政机关未妥善保管导致香烟灭失，被处罚人可依据《国家赔偿法》第四条，主张行政赔偿。行政机关需赔偿香烟的市场价值，但需扣除被处罚人本应缴纳的罚款或违法所得；
     
   • 被处罚人责任：若灭失由被处罚人造成，行政机关可要求其提供等值财物或直接执行罚款。若被处罚人无法履行，行政机关可申请法院查封、扣押其其他财产。

3. 特殊情形处理

   • 香烟已销售但未上缴收入：若被处罚人在处罚决定作出前已销售香烟但未上缴违法所得，行政机关可依据《烟草专卖法》第三十四条，追缴销售所得，并处以罚款；
     
   • 香烟被第三方占有：若香烟被第三方非法获取（如盗窃），行政机关应协助公安机关追回物品。若无法追回，被处罚人仍需履行上缴义务，但可向第三方主张民事赔偿。

建议：若您面临此类问题，需立即固定证据（如处罚决定书、物品清单、灭失证明等），并评估灭失原因及责任主体。若涉及行政赔偿或强制执行争议，建议委托律师介入，通过行政复议或诉讼程序维护权益。