公司留存员工身份证扫描件，在一般情况下是合法合规的。以下从不同角度为您详细分析：
合法性依据
依据我国相关法律法规，企业有权为了建立和完善员工档案、为员工投保相应的商业保险等事项，请求员工提供本人的身份证复印件或扫描件。这是企业进行正常人事管理和风险防控的合理需求，并不违反任何法律规定。例如，在办理社保、公积金等手续时，企业通常需要员工的身份证信息以完成相关登记。
注意事项与风险防范
添加水印标识：虽然公司留存身份证扫描件本身合法，但为了更好地保护个人隐私信息，建议您在提交身份证扫描件时，在文件上添加适当的水印标识，如“仅供XX公司入职使用”等，以防止扫描件被不当使用或泄露。
禁止扣押证件：根据《劳动合同法》第八十四条的规定，用人单位不得扣押劳动者居民身份证等证件。如果公司以任何理由扣押您的身份证原件或扫描件，并拒绝退还，这是违法行为，您有权向劳动行政部门投诉，并要求公司承担相应的法律责任。
离职后的处理：在您离职时，公司应当及时退还您的身份证扫描件（如果以电子形式留存，则应删除相关文件）。如果公司拒绝退还或删除，同样构成违法行为，您有权要求公司纠正。
可能的法律后果
如果公司违反法律规定，扣押或不当使用您的身份证扫描件，可能会面临以下法律后果：
行政处罚：劳动行政部门有权责令公司限期退还您的身份证扫描件，并依照有关法律规定给予处罚。
民事赔偿：如果公司的行为给您造成了损害（如身份信息被泄露导致经济损失），您有权要求公司承担赔偿责任。
建议与行动
保留证据：在向公司提交身份证扫描件时，建议您保留好相关证据（如提交记录、水印标识等），以备不时之需。
及时沟通：如果发现公司有不当使用或扣押您身份证扫描件的行为，应及时与公司沟通，要求其纠正。
法律维权：如果公司拒绝纠正，您有权向劳动行政部门投诉，或寻求法律途径维护自己的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。