关于您提出的“约定工资包含社保，由员工自己缴纳社保是否合法”的问题，我们可以从法律角度和实际操作两个层面进行详细分析。

首先，从法律层面来看：

根据《中华人民共和国劳动法》第七十二条以及《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，并缴纳社会保险费。这是用人单位的法定义务，具有强制性，不能通过劳动合同中的私下约定来规避或免除。同时，《劳动合同法》也明确规定了用人单位未依法为劳动者缴纳社会保险费的法律责任，包括劳动者有权解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿。

其次，从实际操作层面来看：

1. 工资与社保的性质区别： 工资是劳动者提供劳动后应得的劳动报酬，主要用于满足劳动者的日常生活需求。而社保则是用人单位为劳动者缴纳的法定福利，旨在保障劳动者在养老、医疗、失业等方面的权益。两者在性质和用途上存在根本区别，应当分别明确，不能混为一谈。

2. 约定社保包含在工资里的潜在风险：

   • 劳动者权益受损：若工资包含社保，可能导致劳动者在享受社保待遇时出现问题，如社保缴费基数不准确，进而影响未来社保待遇的计算和享受。
   • 劳动纠纷频发：此类约定容易引发劳动纠纷。劳动者可能认为自己的实际工资被压低，而用人单位则可能认为已经按照约定支付了工资，双方难以达成一致。
   • 法律责任追究：用人单位未按时足额缴纳社会保险费的，将面临法律责任，包括被责令限期缴纳或补足，并按日加收滞纳金；逾期仍不缴纳的，还将受到罚款等行政处罚。

综合分析：

虽然在实际操作中，存在双方协商一致且足额缴纳社保费用的情况下，工资中包含社保费用可以被视为合法的情况，但这种做法存在较大的潜在风险，且不符合法律法规的明确要求。更稳妥和合规的做法是将工资与社保费用明确区分并分别核算支付，以保障劳动者的合法权益，避免潜在的劳动纠纷。

建议与指导：

• 对于用人单位而言，应严格遵守相关法律法规，依法为劳动者缴纳社保费用，确保劳动者的合法权益得到充分保障。
• 对于劳动者而言，应仔细审查劳动合同中关于工资和社保的约定，确保自己的权益不受损害。如遇到相关问题或纠纷，建议及时咨询专业律师或向劳动监察部门投诉举报。

综上所述，劳动合同中约定社保包含在工资里面，并由员工自己缴纳社保的做法是不合法的。用人单位应依法为劳动者单独缴纳社保费用，确保劳动者的合法权益得到充分保障。