针对实习期（试用期）职员离职，公司应当遵循以下操作流程，以确保合法合规并维护双方权益：
一、确认离职通知期限
根据《劳动合同法》的相关规定，试用期内员工提前三日通知用人单位，即可解除劳动合同。因此，公司应首先确认该实习期职员是否已按照此规定提前通知了公司。若未提前通知，公司有权要求其按照公司规章制度或双方约定完成相应的离职手续，但这并不意味着可以阻止其离职，只是可以就未提前通知可能带来的损失进行协商或追偿。
二、办理工作交接
无论员工是否提前通知，办理工作交接都是离职过程中的重要环节。公司应安排专人与离职员工进行工作交接，确保工作的连续性和资料的完整性。对于未按规定办理工作交接就离职的员工，公司可以依据规章制度扣发部分工资或采取其他措施，但需确保这些措施有明确的制度依据，并且不违反法律法规。
三、出具解除劳动合同证明
在员工离职时，公司应当出具解除劳动合同的证明。这是员工的合法权益，也是公司履行法定义务的表现。证明中应包含员工的个人信息、入职与离职时间、工作岗位、解除劳动合同的原因等基本信息。
四、办理档案和社会保险关系转移手续
公司应在员工离职后十五日内为其办理档案和社会保险关系转移手续。这是确保员工能够顺利进入下一家单位或享受社会保险待遇的重要步骤。公司应积极配合员工完成这些手续，避免因拖延或失误给员工带来不必要的麻烦。
五、处理经济补偿与赔偿问题
经济补偿：在试用期内，如果员工提出离职且公司无过错，通常不需要支付经济补偿。但如果公司提出解除劳动合同且符合法定情形（如员工在试用期被证明不符合录用条件等），则可能不需要支付经济补偿。然而，如果公司因自身原因（如经营困难、裁员等）解除劳动合同，则可能需要支付经济补偿。
赔偿问题：如果员工违法解除劳动合同给公司造成损失，公司有权要求其承担赔偿责任。但公司需保留好相关证据材料，证明员工的违法行为与企业的损失具有因果关系，且相关损失具有合理性、明确性。
六、完善公司规章制度与离职流程
为了避免类似情况再次发生，公司应完善自身的规章制度和离职流程。明确离职通知期限、工作交接要求、经济补偿与赔偿标准等关键条款，确保员工在入职时即了解并同意这些规定。同时，公司应定期对员工进行培训，提高其对法律法规和公司规章制度的认识和遵守意识。
综上所述，公司应依法依规处理实习期职员的离职问题，确保流程的合法性和合规性，同时维护双方的合法权益。