当企业以公司注销为由终止劳动合同时，需要遵循一定的法律程序和规定，以确保员工的合法权益得到保障。以下是详细的程序说明：

一、提前通知员工

1. 书面通知：公司应在注销前，以书面形式通知员工公司即将注销以及劳动合同将因此终止的情况。通知中应明确终止劳动合同的日期，以便员工做好相应的准备。

2. 通知内容：通知内容应包括公司注销的原因、劳动合同终止的日期、经济补偿的方案（如有）以及后续需要员工配合的事项等。

二、与员工进行工作交接和费用核算

1. 工作交接：公司应与员工进行工作交接，确保员工在离职前完成所有未完成的工作任务，并将相关的工作资料、文件等移交给公司指定的接收人。

2. 费用核算：

   • 工资和加班费：公司应核算员工在离职前的工资和加班费，确保员工能够按时足额地收到应得的报酬。
   • 经济补偿：根据《劳动合同法》的相关规定，公司应按照员工在本公司的工作年限支付经济补偿金。具体标准为：每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

三、出具终止合同证明

1. 证明内容：公司应为员工出具终止劳动合同的证明，证明中应包括员工的姓名、身份证号码、工作岗位、劳动合同期限、终止原因以及终止日期等信息。

2. 证明作用：该证明是员工后续办理失业保险、再就业等相关手续的重要依据。

四、办理档案和社保关系转移手续

1. 档案转移：公司应在劳动合同终止后的十五日内，为员工办理档案转移手续，将员工的个人档案移交至员工指定的接收单位或人才交流中心。

2. 社保关系转移：同时，公司还应为员工办理社会保险关系的转移手续，确保员工的社会保险权益得到连续保障。

五、法律依据

• 根据《劳动合同法》第四十四条的规定，用人单位被依法宣告破产的、被吊销营业执照、责令关闭、撤销或者用人单位决定提前解散的等情形下，劳动合同终止。
• 在公司注销的情况下，劳动合同依法终止，但公司仍需履行上述程序和义务，以保障员工的合法权益。

综上所述，当企业以公司注销为由终止劳动合同时，应提前书面通知员工、与员工进行工作交接和费用核算、出具终止合同证明以及办理档案和社保关系转移手续。这些程序和义务是公司必须履行的法律责任，也是保障员工合法权益的重要措施。