商铺暂时停业两年是否合法，不能一概而论，需结合具体情况及相关法律法规来综合判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、合法停业的情况
符合合同约定：
- 如果商铺的租赁合同或经营合同中明确规定了停业期限，且该期限不超过两年，同时停业行为符合合同中的其他条件（如提前通知、支付违约金等），则停业行为是合法的。
符合法律法规：
- 在某些特殊情况下，如因政府征收、城市规划调整、环保要求等公共利益需要，商铺可能需要暂时停业。此时，如果停业行为符合相关法律法规的规定，且得到了相关部门的批准或同意，那么停业行为也是合法的。
不可抗力因素：
- 如果商铺因不可抗力因素（如自然灾害、疫情等）导致无法正常经营，且停业期限合理（如两年内），同时商铺已经采取了必要的措施来减少损失并尽快恢复经营，那么停业行为在法律上可能被视为合法。
二、可能违法停业的情况
违反合同约定：
- 如果商铺的租赁合同或经营合同中没有规定停业期限，或者规定的停业期限远超过两年，且商铺未经出租方或合作方同意擅自停业，那么停业行为可能构成违约，需要承担相应的违约责任。
违反法律法规：
- 如果商铺的停业行为违反了相关法律法规的规定（如未经批准擅自停业、停业期间未履行相关义务等），那么停业行为可能是违法的，需要承担相应的法律责任。
损害他人利益：
- 如果商铺的停业行为给出租方、合作方或消费者等造成了损失，且商铺未能提供合理的解释或补偿，那么停业行为可能构成侵权，需要承担相应的赔偿责任。
三、法律建议
审查合同条款：
- 在决定停业前，商铺应仔细审查租赁合同或经营合同中的相关条款，确保停业行为符合合同约定。
咨询相关部门：
- 如果商铺因特殊原因需要停业，应提前咨询相关部门（如工商局、城管局等）了解停业的具体要求和程序，确保停业行为符合法律法规的规定。
履行通知义务：
- 商铺在停业前应履行通知义务，及时告知出租方、合作方或消费者等相关方停业的原因、期限和后续安排等信息。
采取补救措施：
- 如果商铺的停业行为可能给相关方造成损失，应提前采取补救措施（如提供替代服务、支付违约金等）来减少损失并维护良好的商业关系。
如果有具体的合同条款、停业原因或相关法律法规需要进一步了解，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。