法人指使套用农民工资是不合法的，这种行为可能涉及多个方面的法律问题。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律定性
虚假支付与欺诈：
- 法人指使套用农民工资，本质上是通过虚构支付农民工资的事实，来达到其他非法目的（如逃避税收、套取资金等）。这种行为构成虚假支付，可能涉及欺诈。
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，欺诈行为可能构成诈骗罪，如果数额较大或者有其他严重情节，将面临刑事处罚。
侵犯农民工权益：
- 农民工工资是其劳动所得的合法报酬，受法律保护。法人指使套用农民工资，实际上侵犯了农民工的合法权益。
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位应当按时足额支付劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠。法人指使套用行为显然违反了这一规定。
二、法律后果
行政处罚：
- 如果法人指使套用农民工资的行为被劳动行政部门发现，可能会面临行政处罚，如罚款、责令改正等。
刑事责任：
- 如前所述，如果这种行为构成诈骗罪，法人及相关责任人员将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役、罚金等。
民事赔偿：
- 农民工有权要求用人单位支付被套用的工资，并可能要求赔偿因套用行为造成的损失。如果法人指使套用行为导致农民工生活困难或其他严重后果，赔偿金额可能会相应增加。
三、法律建议
立即停止违法行为：
- 如果您是法人或相关责任人员，应立即停止指使套用农民工资的行为，避免进一步违法。
主动纠正错误：
- 对于已经套用的农民工资，应尽快补发，并确保今后按时足额支付农民工工资。
配合调查：
- 如果劳动行政部门或其他相关部门已经介入调查，应积极配合，如实说明情况，争取从轻或减轻处理。
加强法律意识：
- 作为法人或企业管理者，应加强法律意识，了解并遵守相关法律法规，确保企业合法经营。
最后需要强调的是，法人指使套用农民工资是一种严重的违法行为，不仅损害了农民工的合法权益，也破坏了市场经济的公平竞争环境。如果您或您所在的企业存在类似问题，建议立即采取措施进行纠正，并向我咨询具体的法律解决方案。