针对您提出的“合同内要求超过200万的材料需要进行二次招标，但当初实施时候没有招标，这个怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，如果合同中明确规定了超过200万的材料需要进行二次招标，而实际实施过程中并未进行招标，这确实构成了一个合规性问题。针对这种情况，您可以考虑以下几个步骤来处理：
一、评估影响与风险
合同合规性：首先，评估未进行二次招标对合同合规性的影响。如果合同中有明确的招标条款，而未执行，可能会引发合同纠纷或法律风险。
项目影响：其次，考虑未招标对项目实施的影响，包括材料质量、成本、进度等方面。
二、与相关方沟通
与供应商沟通：如果材料已经采购并使用，建议与供应商进行沟通，了解他们对于未招标情况的看法，并探讨可能的解决方案。
与内部团队沟通：与项目团队、法务部门等内部团队进行沟通，了解他们的意见和建议，共同制定应对策略。
三、采取补救措施
补充招标程序：如果条件允许，可以考虑补充进行二次招标程序，以符合合同要求。这可能需要与供应商协商，看是否可以重新进行招标或采用其他合规的采购方式。
合同变更或补充协议：如果无法补充招标，可以考虑与供应商协商变更合同条款或签订补充协议，明确双方对于未招标情况的认可和处理方式。但需要注意的是，这种变更或补充协议需要符合相关法律法规和合同约定。
内部审批与备案：无论采取哪种补救措施，都需要经过公司内部的审批流程，并确保相关文件和记录得到妥善保存和备案。
四、预防未来类似情况
完善合同条款：在未来的合同中，可以更加明确地规定招标流程和要求，以避免类似情况的发生。
加强内部管理：加强项目管理和采购流程的内部监控，确保所有采购活动都符合合同要求和法律法规。
培训与教育：对相关人员进行招标法规和合同管理的培训和教育，提高他们的合规意识和专业能力。
最后，我建议您在处理此类问题时，务必咨询专业的法律顾问或合同管理专家，以确保您的决策和行动都符合相关法律法规和合同约定。希望以上解答能够对您有所帮助。