未办理施工许可证擅自施工，即便工程已完工，也仍会被责令改正，并可能面临停工的要求。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国建筑法》第六十四条的规定：“未取得施工许可证或者开工报告未经批准擅自施工的，责令改正，对不符合开工条件的责令停止施工，可以处以罚款。”以及《建筑工程施工许可管理办法》第十二条：“对于未取得施工许可证或者为规避办理施工许可证将工程项目分解后擅自施工的，由有管辖权的发证机关责令停止施工，限期改正，对建设单位处工程合同价款1%以上2%以下罚款；对施工单位处3万元以下罚款。”这些条款明确规定了未办理施工许可证擅自施工的法律后果。

二、具体处罚措施

1. 责令停止施工：

   • 发证机关一旦发现未办理施工许可证的施工行为，有权立即责令停止施工。这是一种及时的行政强制措施，旨在制止违法行为，防止工程质量、安全以及周边环境受到进一步影响。

2. 限期改正：

   • 责任单位需在规定期限内补办施工许可证等相关手续，使施工行为合法化。改正期限由发证机关根据具体情况合理确定。

3. 罚款：

   • 对建设单位的罚款数额为工程合同价款的1%至2%。例如，若某项目工程合同价款为1000万元，未办理施工许可证擅自开工，建设单位可能面临10万元至20万元的罚款。
   • 对施工单位的罚款为3万元以下，以促使施工单位在承接项目时严格审查建设单位的相关手续。

三、实际施工情况与后果考量

• 具体处罚情况可能会根据实际的施工情况、是否造成严重后果等因素有所差异。发证机关在作出处罚决定时，会综合考虑违法行为的性质、情节以及社会危害程度。即便工程已完工，也不能改变未办理施工许可证擅自施工的违法性质，因此仍可能面临上述处罚措施。

四、建议与提醒

• 为避免不必要的法律风险和经济损失，建设单位在开工前应严格按照相关规定办理施工许可证。这是确保施工活动合法性的重要前提。
• 如已发生未办理施工许可证擅自施工的情况，应尽快与发证机关沟通，了解补办手续的具体流程和要求，并积极配合改正工作，以减轻可能的法律后果。

综上所述，未办理施工许可证擅自施工是违法行为，即便工程已完工，也仍可能面临责令改正、停工以及罚款等处罚措施。因此，建设单位务必高度重视施工许可证的办理工作，确保施工活动的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。