针对您提出的“未办施工许可证的附属工程已完工如何处罚”的问题，以下是我根据相关法律法规为您提供的详细解答：
一、明确结论
未办理施工许可证擅自施工并竣工的附属工程，属于违法行为。根据相关法律法规，此类行为将面临责令停止施工（尽管工程已竣工，但此措施更多体现为对违规行为的警示）、限期改正以及罚款等处罚。同时，该行为还可能影响项目的合法性、安全性和质量。
二、法律依据与具体处罚
法律依据：
- 主要依据《中华人民共和国建筑法》、《建设工程质量管理条例》以及《建筑工程施工许可管理办法》等相关法律法规。其中，《建筑工程施工许可管理办法》第十二条明确规定，未取得施工许可证或规避办理施工许可证擅自施工的，将受到法律制裁。
具体处罚措施：
- 对于建设单位：
- 责令停止施工（对已竣工项目，此措施为对违规行为的警示，并可能要求进行整改或补办手续）。
- 限期改正，并处工程合同价款1%以上2%以下的罚款。例如，若附属工程合同价款为100万元，则罚款范围为1万至2万元。
- 若逾期不办理施工许可证而继续擅自施工（尽管工程已竣工，但若存在后续使用或维护等行为，仍可能被视为继续施工），将面临更严厉的处罚，包括可能被处以建筑工程造价5%的罚款，并承担因此造成的工程质量、安全事故责任。
- 对于施工单位：
- 责令停止施工（同样，对已竣工项目为警示措施），并处3万元以下罚款，具体金额由执法部门根据违法情节裁量。
- 如施工单位明知建设单位未依法取得施工许可证而擅自施工，还可能面临降低资质等级或吊销资质证书等行政处罚。
三、特殊情况与处理
免于处罚情形：
- 若附属工程投资额在30万元以下或建筑面积在300平方米以下，根据相关规定，可以不申请办理施工许可证。若未办理且已竣工的项目符合此条件，则不在处罚范围内。
及时补救措施：
- 若建设单位在项目建设过程中或竣工后意识到未办理施工许可证，并积极补办且获得相关部门核发的施工许可证，可能会根据具体情况从轻处罚或不予处罚。但需注意，补办手续并不意味着可以完全免除之前的违法责任，而是可能作为减轻处罚的考量因素。
四、实际操作建议
由于具体的处罚措施和力度可能因地区、案情等因素而异，我建议您在实际操作中咨询当地建设行政主管部门或专业律师，以获取准确的法律意见和帮助。同时，建设单位和施工单位应高度重视施工许可证的办理工作，确保项目的合法性和顺利进行，避免因违法行为而遭受不必要的法律和经济损失。
希望以上解答能够对您有所帮助。如有任何其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时与我联系。