依法应当检疫而未经检疫的动物案件，在行政处罚过程中通常需要经过集体讨论，但并非所有案件都绝对必须集体讨论，需结合具体案情和执法机关的内部规定来判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律程序要求：集体讨论是行政处罚的常见环节

根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关执法实践，对情节复杂或者重大违法行为给予较重的行政处罚时，行政机关的负责人应当集体讨论决定。在运输依法应当检疫而未经检疫的动物案件中，若涉及以下情形，通常需要集体讨论：

1. 案件情节复杂：如当事人多次违法、运输动物数量较大、涉及跨区域运输等；
2. 处罚较重：如罚款金额接近或超过法定上限（如《动物防疫法》第一百条规定的“货值金额一倍以下罚款”）；
3. 社会影响较大：如引发动物疫病传播风险、群众举报强烈等。

案例参考：
在您提供的案例中，执法机关对当事人运输未经检疫的死牛行为立案后，经集体讨论，作出了责令改正、无害化处理死牛、并处货值金额10%罚款的决定。这表明，集体讨论在此类案件中是常见程序，尤其当处罚涉及无害化处理、罚款等实质性措施时。

二、例外情形：简单案件可简化程序

若案件事实清楚、证据充分，且处罚较轻（如首次违法、罚款金额较低），执法机关可能简化程序，直接由负责人或承办人决定处罚，无需集体讨论。例如：

• 当事人首次运输少量未经检疫的动物，且主动配合调查；
• 罚款金额明显低于同类案件平均水平（如仅处警告或少量罚款）。

法律依据：
《行政处罚法》第五十七条明确，对“事实清楚、证据充分”的案件，行政机关可“当场作出行政处罚决定”。但需注意，“未经检疫”行为本身属于《动物防疫法》明确禁止的违法行为，即使简化程序，也需确保处罚合法合规。

三、集体讨论的意义：保障程序公正与实体合法

集体讨论的核心价值在于：

1. 防止权力滥用：通过多人决策，避免个别执法人员随意处罚；
2. 统一执法标准：确保同类案件处罚尺度一致；
3. 应对复杂案情：对涉及疫病传播风险、跨区域协调等复杂问题，集体讨论可集思广益。

律师建议：
若您或他人涉及此类案件，可重点关注以下两点：

1. 执法程序是否合法：要求执法机关出示集体讨论记录（如会议纪要），确认处罚决定是否经过充分审议；
2. 处罚是否合理：对比同类案件处罚标准，若认为处罚过重或程序违法，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

四、实务操作要点：如何应对此类案件？

1. 主动配合调查：如实说明动物来源、运输目的，提供相关证据（如购销合同、运输记录）；
2. 及时补办检疫手续：若动物未患病，可申请补检，争取从轻处理；
3. 关注处罚依据：要求执法机关明确引用《动物防疫法》具体条款，避免“以罚代管”。

总结：依法应当检疫而未经检疫的动物案件，是否需要集体讨论取决于案情复杂程度、处罚轻重及社会影响。作为当事人，您有权要求执法机关依法履行程序，并在处罚决定作出后通过合法途径维护权益。如有具体案件需要分析，欢迎随时向我咨询。