结论：非法营运未开具扣车单，并不能直接免除罚款，是否罚款取决于是否构成非法营运的违法事实及执法程序的合法性。

1. 扣车单与罚款的关系
   扣车单是执法过程中对车辆采取行政强制措施的凭证，其作用是固定证据、防止违法行为继续。但扣车单本身并非罚款的法定前提条件。根据《行政处罚法》及相关交通运输法规，罚款的依据是违法行为的存在（如未取得营运许可擅自从事客运或货运），而非是否开具扣车单。即使未开具扣车单，只要执法部门能通过其他证据（如乘客证言、交易记录、车辆行驶轨迹等）证明非法营运行为，仍可依法处罚。

2. 执法程序合法性对罚款的影响
   若执法部门未开具扣车单且存在其他程序违法（如未出示执法证件、未告知权利义务、未听取陈述申辩等），可能构成“程序违法”。根据《行政处罚法》第三十八条，行政处罚决定因程序违法可能被撤销或确认无效。但需注意：

• 程序违法≠自动免罚：需通过行政复议或行政诉讼主张权利，且需证明程序违法对实体权利产生实质影响。
  
• 证据充分性是关键：若执法部门能通过其他合法证据证明违法行为，即使程序存在瑕疵，罚款仍可能被维持。

1. 实务建议
   

• 核实执法程序：要求执法部门提供处罚决定书、证据清单等材料，检查是否依法履行告知、听证等程序。
  
• 主张权利途径：若认为程序违法，可在收到处罚决定书60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。
  
• 证据固定：保存与非法营运无关的证据（如车辆用途证明、收入来源证明等），以反驳违法事实认定。

总结：未开具扣车单不直接导致免罚，但可能成为主张程序违法的理由之一。是否免罚需结合违法事实是否存在、证据是否充分、程序是否合法综合判断。如有具体案件，可进一步提供细节，我将为您分析应对策略。