非法营运被扣车，一般需要缴纳罚款，但具体是否缴纳及缴纳金额需根据实际情况判断。以下是详细分析：

1. 非法营运的法律定义与处罚依据
   根据《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条，未取得道路运输经营许可擅自从事道路运输经营的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下罚款；没有违法所得或违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下罚款。若构成犯罪，还将依法追究刑事责任。因此，非法营运被扣车后，行政机关通常会依据上述条款对当事人处以罚款。

2. 扣车与罚款的关联性
   扣车是行政机关为制止违法行为、固定证据而采取的行政强制措施，而罚款是针对违法行为的行政处罚。二者可能同时存在：

   • 若车辆被扣后，当事人接受处罚并缴纳罚款，行政机关会依法解除扣车措施，返还车辆；
     
   • 若当事人拒不缴纳罚款，行政机关可依法申请法院强制执行，甚至可能对车辆进行拍卖抵缴罚款（需符合法定程序）。

3. 特殊情形下的处理

   • 首次违法且情节轻微：若当事人能证明系首次违法、未造成严重后果，且主动配合调查，部分地区可能依据《行政处罚法》第三十二条从轻或减轻处罚（如降低罚款金额）；
     
   • 车辆来源合法性：若车辆本身存在权属纠纷（如抵押、查封），或涉及其他违法行为（如套牌、盗抢），行政机关可能将案件移送公安机关处理，罚款与扣车措施可能因案件性质变化而调整；
     
   • 证据不足或程序违法：若行政机关在扣车或处罚过程中存在程序违法（如未出具合法扣押凭证、未告知救济权利），当事人可通过行政复议或诉讼主张撤销处罚，此时可能无需缴纳罚款。

4. 实务建议

   • 配合调查：主动提供车辆合法来源证明、营运记录等材料，争取从轻处理；
     
   • 核对处罚依据：要求行政机关出具书面处罚决定书，明确罚款金额、缴纳期限及法律依据；
     
   • 及时救济：若对处罚有异议，可在收到决定书之日起60日内申请行政复议，或6个月内直接提起行政诉讼。

总结：非法营运被扣车后，罚款是常见的行政处罚方式，但具体金额和是否缴纳需结合违法情节、证据充分性及程序合法性综合判断。建议当事人根据实际情况，通过合法途径维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件细节。