结论：关于父亲转账给儿子的钱，在父亲去世三年后继母提起诉讼的时效问题，需根据转账的性质（赠与或借款）以及继母的诉讼理由来具体分析诉讼时效的起算点，进而判断是否已过诉讼时效。
一、若转账被认定为赠与
赠与合同性质：
- 赠与合同是赠与人将自己的财产无偿给予受赠人，受赠人表示接受赠与的合同。若父亲转账给儿子时明确表示为赠与，且儿子接受，则双方形成赠与合同关系。
诉讼时效的起算：
- 根据《民法典》的相关规定，诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在赠与合同中，若继母主张赠与无效或要求撤销赠与，其诉讼时效通常从知道或应当知道赠与事实及可能损害其权益之日起算。
- 若父亲去世时，继母已知晓赠与事实，则诉讼时效可能从父亲去世时开始计算（若此时继母认为其权益受到损害）。但具体起算点还需根据继母何时知道或应当知道其权益可能受到损害来确定。
诉讼时效的期限：
- 一般情况下，民事权利的诉讼时效期间为三年。若从继母知道或应当知道其权益可能受到损害之日起算，已超过三年，则可能面临诉讼时效已过的风险。
二、若转账被认定为借款
借款合同性质：
- 若父亲转账给儿子时，双方形成借款合同关系（即儿子有义务偿还该款项），则继母作为父亲的继承人，有权要求儿子偿还借款。
诉讼时效的起算：
- 根据《民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在借款合同中，若父亲去世时借款未偿还，继母作为继承人知道或应当知道该事实时，诉讼时效可能从此时开始计算。
- 但若借款合同中有明确的还款期限，则诉讼时效从还款期限届满之日起计算。
诉讼时效的中断与延长：
- 在诉讼时效期间内，若继母向儿子提出还款要求、儿子同意还款或双方达成还款协议等，可能导致诉讼时效中断并重新计算。
- 若因特殊情况（如不可抗力等）导致继母无法在诉讼时效期间内提起诉讼，可能依法申请延长诉讼时效。
三、继母的诉讼理由及影响
- 继母提起诉讼的理由可能涉及赠与合同的无效、撤销或借款合同的履行等。不同的诉讼理由可能影响诉讼时效的起算点和期限。
- 例如，若继母主张赠与合同因违反公序良俗而无效，其诉讼时效可能从知道或应当知道赠与事实及违反公序良俗之日起算。
四、建议与风险提示
核实转账性质：
- 首先需核实父亲转账给儿子的性质是赠与还是借款。这通常需要通过转账时的约定、双方的关系、转账的目的等因素来综合判断。
收集证据：
- 无论转账性质如何，继母或儿子都应收集相关证据（如转账记录、聊天记录、证人证言等）以支持自己的主张。
咨询专业律师：
- 由于诉讼时效问题涉及复杂的法律判断和事实认定，建议继母或儿子在面临诉讼时咨询专业律师以获取准确的法律意见。
风险提示：
- 若已过诉讼时效，继母可能面临败诉的风险。但具体是否已过诉讼时效还需根据案件的具体情况和相关证据来判断。
总结：关于父亲转账给儿子的钱在父亲去世三年后继母提起诉讼的时效问题，需根据转账的性质以及继母的诉讼理由来具体分析。若涉及复杂情况或不确定因素较多，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。有问题可以直接向我咨询。