结论前置：分公司注销后，员工若希望与母公司重新建立劳动关系，通常需通过协商一致签订新劳动合同的方式实现，具体流程及注意事项如下：

一、核心前提与法律关系梳理

1. 分公司与母公司的法律地位
   分公司是母公司的分支机构，不具有独立法人资格，其民事责任由母公司承担。分公司注销后，其员工劳动关系原则上应由母公司承继，但需通过书面形式明确。

2. 员工与母公司建立劳动关系的法律依据
   根据《劳动合同法》第十条，建立劳动关系应当订立书面劳动合同。若分公司注销时未妥善处理员工劳动关系，母公司需主动与员工协商签订新合同。

二、具体操作步骤与注意事项

1. 协商一致签订新劳动合同

   • 步骤：母公司应与员工就工作岗位、薪资、工作地点等条款协商，达成一致后签订书面劳动合同。
     
   • 注意事项：
     
     • 合同条款需明确承继原分公司工作年限（涉及经济补偿计算）；
       
     • 避免出现“事实劳动关系”未签订合同的情况，否则母公司可能面临双倍工资赔偿风险（《劳动合同法》第八十二条）。

2. 经济补偿与工龄连续计算

   • 若母公司直接承继劳动关系：原分公司工作年限应连续计算，母公司无需支付经济补偿。
     
   • 若母公司拒绝承继或员工不同意续签：分公司注销时，母公司需按《劳动合同法》第四十六条支付经济补偿（N倍月工资，N为工作年限）。

3. 社保与公积金转移

   • 母公司需为员工办理社保、公积金账户的转移接续，确保连续缴纳，避免影响员工权益。

三、特殊情形处理

1. 分公司注销前未处理劳动关系

   • 若分公司注销时未与员工解除合同或未支付经济补偿，母公司作为责任承担主体，需补足相关待遇。
     
   • 员工可主张自分公司注销之日起至重新签订合同期间的工资损失（需举证实际提供劳动）。

2. 母公司拒绝承继劳动关系

   • 员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求母公司：
     
     • 支付经济补偿；
       
     • 补签劳动合同或确认事实劳动关系。

四、风险防范建议

1. 母公司角度：

   • 分公司注销前，应与员工签订《劳动关系转移协议》，明确权利义务承继；
     
   • 保留工资发放、考勤记录等证据，避免纠纷。

2. 员工角度：

   • 要求母公司出具书面劳动关系承继证明；
     
   • 拒绝签署“自愿离职”等可能损害权益的文件。

如有进一步疑问（如具体条款协商、补偿计算等），可直接向我提问，我将结合您所在地区的司法实践提供详细解答。