法人将运输费直接发给对应公司是否合法，需分情况讨论：
若法人代表公司履行职务行为，且符合公司财务制度及合同约定：
- 在此情况下，法人作为公司的法定代表人或授权代表，有权代表公司进行财务收支。若公司内部财务制度允许，且与运输服务提供方（对应公司）的合同中明确约定了运输费的支付方式和对象，那么法人直接将运输费支付给对应公司是合法的。这种支付方式符合合同约定和公司财务流程，不会引发法律纠纷。
若法人未经公司授权或违反公司财务制度及合同约定：
- 如果法人未经公司明确授权，擅自将运输费支付给对应公司，或者公司的财务制度明确规定运输费应通过其他方式支付（如通过公司账户转账），而法人却直接以个人名义或通过其他非正规渠道支付，这种行为可能构成违法。它可能违反了公司的财务管理制度，甚至可能涉及挪用资金、侵占公司财产等违法行为，需要承担相应的法律责任。
法律建议：
- 完善公司财务制度：公司应建立完善的财务制度，明确运输费等费用的支付方式和流程，确保所有财务收支都符合公司规定和法律法规。
- 加强合同管理：在与运输服务提供方签订合同时，应明确约定运输费的支付方式和对象，避免出现模糊或歧义的条款。
- 强化法人职责监督：公司应加强对法人职责的监督和管理，确保法人代表公司履行职务行为时遵守公司规定和法律法规。
可能法律后果：
- 若法人行为合法，则不会引发法律纠纷，公司运输业务可正常进行。
- 若法人行为违法，则可能面临公司内部的纪律处分，甚至可能承担刑事责任（如挪用资金罪、职务侵占罪等），同时公司也可能因法人的违法行为而遭受经济损失和声誉损害。
综上所述，法人将运输费直接发给对应公司是否合法，取决于法人是否代表公司履行职务行为，以及该行为是否符合公司财务制度及合同约定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。