骑摩托车被车撞了并住院治疗后，出院后的处理流程可以遵循以下几个步骤来确保您的权益得到妥善处理：

一、确保自身安全与报警

事故发生后，首要任务是确保自身安全，并立即报警。交警会到场进行事故责任判定，这是后续处理赔偿事宜的重要依据。

二、收集证据与保留医疗记录

1. 在现场尽可能收集证据，如拍照记录车辆位置、碰撞痕迹、交通标识等。
2. 尽快前往医院就医，并妥善保存所有与医疗费用相关的票据，包括医药费、检查费、挂号费、诊疗费等。
3. 保留好病历、诊断证明、出院小结等医疗文件，这些将作为您索赔的重要依据。

三、与肇事方协商赔偿

出院后，您应与肇事方就赔偿事宜进行协商。赔偿内容应包括医疗费、误工费（如有）、护理费、交通费、营养费等合理损失。

1. 提前准备好相关证据，如医疗票据、收入证明（如涉及误工费）、病历、诊断证明等。
2. 明确各项赔偿项目，并与肇事方进行细致沟通。

四、考虑伤残鉴定

如果事故导致您受伤较重，可能需要进行伤残鉴定。伤残鉴定结果对于确定赔偿额度至关重要。您可以咨询医院或当地相关部门了解伤残鉴定的具体流程和要求。

五、涉及保险的处理

如果肇事方购买了交强险和商业险，您应及时告知保险公司，并让其参与到赔偿处理的过程中。保险公司会根据事故责任和保险条款进行赔付。

六、法律途径解决纠纷

如果与肇事方协商无果，您可以向法院提起诉讼。在提起诉讼前，请确保您已准备好充分的证据来支持您的索赔请求。同时，要注意人身损害赔偿的诉讼时效通常为三年，从知晓或者应当知晓自身权利被侵害之日开始计算。

综上所述，骑摩托车被车撞了并住院治疗后，出院后的处理需要您细心、耐心地收集证据，与肇事方协商赔偿，并在必要时采取法律途径来维护自己的权益。希望这些建议能对您有所帮助。