诈骗四十万退赃且有谅解书的情况下，检察院仍可能会起诉，但也存在不起诉的可能性，具体需结合案件实际情况综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
法定不起诉角度
法定不起诉主要适用于没有犯罪事实或存在《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条规定的特定情形，例如情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的等。诈骗四十万通常不属于这些法定不起诉的情形，所以仅从诈骗金额和退赃获谅解这一点来看，一般难以直接适用法定不起诉。
酌定不起诉角度
酌定不起诉是指犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的情况。在诈骗案件中，如果犯罪情节相对轻微，犯罪嫌疑人获得了被害人的谅解，并且主动退赃退赔，检察机关可能基于宽严相济的刑事政策，认为没有起诉的必要，从而作出不起诉决定。然而，诈骗四十万属于数额巨大的情形，一般来说犯罪情节不算轻微。但如果存在一些特殊情况，比如犯罪嫌疑人是初犯、偶犯，诈骗手段相对温和，没有造成其他严重后果等，检察机关在综合全案考量后，也有可能作出相对不起诉决定。例如，小李因一时贪念，以虚构投资项目为由骗取了他人四十万，案发后小李及其家属积极退还全部赃款，取得了被害人的谅解书，且小李此前无任何违法犯罪记录，检察机关在审查时，可能会考虑酌定不起诉。
证据不足不起诉角度
对于二次补充侦查的案件，如果人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件，将作出不起诉决定。虽然获得被害人谅解与证据是否充足无直接关联，但在司法实践中，谅解可能会影响检察机关对是否继续追诉的判断，特别是在证据存在一些瑕疵的情况下。不过，在诈骗四十万的案件中，通常公安机关会收集较为充分的证据来证明犯罪事实，所以因证据不足不起诉的情况相对较少。
公诉案件特性角度
诈骗罪是公诉案件，起诉与否主要由检察机关根据案件事实和证据来决定，而非仅仅依据被害人的意愿。即使被害人表示谅解，检察机关仍有责任对案件进行全面审查。被害人的谅解可以作为量刑时的一个考虑因素，但并不意味着只要取得谅解就可以避免被起诉或定罪。在诈骗四十万的案件中，由于犯罪数额较大，对社会秩序和法律尊严造成了一定的危害，检察机关一般会倾向于提起公诉，但谅解书可在量刑时从轻考虑。
案件独特性与社会影响角度
每个案件都有其独特的情况和背景。在某些情况下，即使取得了被害人的谅解，但如果案件涉及较大的社会影响、公共利益或其他严重情节，检察机关仍可能会选择提起公诉。例如，该诈骗案件可能涉及多人受害、引发了社会不稳定因素等，那么即使退赃并获得了谅解，检察院也可能起诉。
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