初犯诈骗四万并且还清、得到谅解书，检察院不一定会不起诉，但存在不起诉的可能性。以下从不同角度为你详细分析：

法律定性角度

诈骗四万元属于诈骗罪中“数额较大”的情形，根据《中华人民共和国刑法》规定，诈骗公私财物，数额较大的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金。这意味着从法律定性上，该行为已经满足了刑事诉讼的立案要求，一般情况下会被追究刑事责任。不过，法律也规定了一些可以不起诉或从轻处罚的情节，你的情况中积极退赃并获得谅解书就是其中之一。

检察院不起诉考量因素角度

检察院是否提出指控需要充分权衡各种复杂且互相影响的要素进行判断。虽然你已经退还了诈骗所得并获得受害者的谅解书，这一举动有助于减轻刑罚，但不代表必然能够终止刑事诉讼程序的进程。检察院会着重评估以下相关条件：

• 犯罪动因：比如你是因为一时贪念、生活所迫还是其他原因实施诈骗，不同的动因会影响对你主观恶性的判断。
• 采取的方法：诈骗手段的恶劣程度也是重要考量因素，例如是通过虚构事实、隐瞒真相等较为隐蔽的方式，还是采用威胁、恐吓等暴力手段。
• 初次犯罪与否：你是初犯，这一点在量刑和是否起诉的考量中较为有利，说明你之前没有犯罪记录，主观恶性相对较小。
• 有否自首或立功行为：如果你有自首情节，即犯罪后自动投案如实供述，或者有立功表现，如揭发他人犯罪等行为查证属实，这些都会增加检察院不起诉的可能性。

具体情形分析角度

• 可能不起诉的情形：若犯罪情节轻微，不会对社会产生重大危害，同时你又是初犯、偶犯，主观恶性较小，且积极退赃退赔取得被害人谅解，结合其他重要变量，如认罪态度好等，检方可能会采纳相对不起诉的处理方式。例如，你因为急需用钱给家人治病而实施诈骗，事后深刻认识到自己的错误，积极退还赃款并真诚向被害人道歉获得谅解，这种情况下检察院有可能作出不起诉决定。
• 可能被起诉的情形：若犯罪情节异常严重，或是存在其他不利于被告的事实与情形，那么你仍有可能面临被起诉直至接受审判的结果。比如，你在诈骗过程中采用了欺骗、威胁等多种恶劣手段，给被害人造成了极大的精神伤害和经济损失，即使你退还了赃款并获得谅解，检察院也可能认为你的犯罪行为社会危害性较大，从而提起公诉。

实际案例参考角度

在实际司法实践中，有类似情况的案例。有的犯罪嫌疑人诈骗金额与你相近，也是初犯且积极退赃获得谅解，最终检察院作出了不起诉决定；但也有犯罪嫌疑人尽管有退赃和谅解情节，却因为犯罪手段恶劣、造成后果严重等原因被起诉。这充分说明，每个案件都有其独特性，检察院会根据具体案件的全部情况进行严谨判断。

建议：你可以委托律师向检察院提交不起诉的法律意见书，详细阐述你的犯罪情节轻微、主观恶性小、积极退赃退赔取得谅解等有利情节，争取检察院作出不起诉决定。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。