在一般情况下，立案时针对的是某一特定主体，而最终处罚的也是基于该主体的违法行为，因此立案时是乙公司，最后处罚却为甲公司的情况并不常见，但并非绝对不可能，这取决于具体的法律事实和证据。以下从不同角度进行分析：

1. 立案与处罚主体的基本原则

• 立案主体：通常，立案是针对涉嫌违法的主体进行的。如果乙公司被立案，意味着监管机构或司法机关认为乙公司存在违法行为，并决定对其进行调查。
• 处罚主体：处罚则是基于调查结果，对确认违法的主体进行。在大多数情况下，立案主体与处罚主体是一致的。

2. 可能的情况分析

• 证据转移或关联：
  • 如果在调查过程中发现，虽然最初是针对乙公司立案，但实际违法行为是由甲公司实施或甲公司与乙公司共同实施，且证据充分，那么处罚甲公司是有可能的。
  • 例如，甲公司可能通过乙公司进行违法活动，而乙公司只是甲公司的“壳”或“工具”。在这种情况下，如果证据显示甲公司是实际违法者，处罚甲公司就是合理的。
• 法律程序上的变更：
  • 在某些情况下，立案后可能发现最初认定的主体有误，或者发现其他主体也涉及违法行为。这时，监管机构或司法机关可能会根据新的证据和事实，调整处罚对象。
  • 但这种变更通常需要经过严格的法律程序，如补充立案、重新调查等，以确保处罚的合法性和公正性。
• 法律责任的承担：
  • 如果甲公司作为乙公司的控股股东、实际控制人或其他关联方，对乙公司的违法行为负有直接责任，那么在处罚乙公司的同时，也可能对甲公司进行处罚。
  • 但这种情况下，通常会对甲公司和乙公司的违法行为分别进行认定和处罚，而不是简单地将立案时的乙公司替换为甲公司。

3. 法律建议与后果

• 对于公司而言：
  • 如果公司面临立案调查，应积极配合调查，提供真实、完整的证据和信息。
  • 如果发现立案主体有误或存在其他关联方涉及违法行为，应及时向监管机构或司法机关说明情况，并提供相关证据。
• 对于法律后果：
  • 如果最终处罚对象与立案主体不一致，且没有充分的法律依据和证据支持，那么被处罚的公司有权提出异议或申诉。
  • 监管机构或司法机关在作出处罚决定时，应确保处罚的合法性和公正性，避免滥用权力或错误处罚。

总结来看，立案时是乙公司而最后处罚为甲公司的情况并不常见，但并非不可能。这取决于具体的法律事实和证据。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。