核心结论：土地承包合同不合规却照常施工，可能涉及多种原因和法律风险，需从不同角度分析。

1. 合同不合规的具体表现
   合同不合规可能包括：未依法签订书面合同、未履行法定审批程序（如涉及集体土地需村民会议表决）、合同条款违反法律强制性规定（如承包期限超法定上限、用途与规划不符）等。若合同存在上述问题，其法律效力可能被否定，但施工行为是否合法需结合其他因素判断。

2. 施工行为合法性的独立判断
   施工行为是否合法，需单独审查是否取得合法手续：

   • 土地用途审批：若施工涉及改变土地用途（如农用地转建设用地），需依法办理农用地转用审批手续，未取得审批的施工可能构成非法占地；
     
   • 规划许可：建设行为需符合城乡规划，未取得建设工程规划许可证的施工可能被认定为违法建设；
     
   • 施工许可：部分工程需取得施工许可证，未取得的施工可能面临行政处罚。
     结论：即使合同不合规，若施工行为本身取得合法审批，仍可能被允许；反之，合同不合规可能加剧施工行为的违法性。

3. 行政监管的滞后性
   实践中，行政机关对土地承包合同和施工行为的监管可能存在时间差：

   • 合同不合规问题可能未被及时发现或举报；
     
   • 施工行为已取得部分审批（如规划许可），但合同问题未纳入审查范围；
     
   • 行政机关优先处理明显违法行为（如非法占地），对合同瑕疵暂未介入。
     建议：若发现合同不合规且施工未取得合法手续，可向当地自然资源部门或农业农村部门举报，要求停止施工并查处违法行为。

4. 法律风险与救济途径

   • 对发包方：合同不合规可能导致承包关系无效，发包方可能面临返还财产、赔偿损失等责任；
     
   • 对承包方：施工行为若被认定为违法，可能面临拆除、罚款等行政处罚，甚至承担刑事责任（如非法占用农用地罪）；
     
   • 对第三方：若施工影响他人权益（如相邻权），第三方可通过民事诉讼主张停止侵害、赔偿损失。
     

行动建议：

• 若您是合同一方，建议立即审查合同效力及施工手续，必要时通过法律程序确认合同无效或补办手续；
  
• 若您是利害关系人，可收集证据（如合同文本、施工照片、审批文件缺失证明等），向行政机关投诉或提起民事诉讼。
  

如有具体合同文本或施工情况，可进一步向我提供细节，我将为您分析具体法律风险及应对方案。