针对大货车违章且司机不配合的情况，处理方式需结合法律程序与实务操作，分以下步骤处理：

1. 固定违章证据，确保程序合法

• 核心前提：司机不配合时，执法部门（如交警）需通过技术手段固定证据，避免因程序瑕疵导致证据无效。
• 具体操作：
  • 现场取证：使用执法记录仪、拍照或录像记录违章行为（如超载、闯红灯、遮挡号牌等），确保画面清晰显示车辆信息、违章时间、地点及司机特征。
  • 第三方证据：调取道路监控、电子眼抓拍记录，或联系目击证人出具书面证言，形成完整证据链。
  • 文书送达：若司机拒绝签收《违章处罚决定书》，可留置送达（将文书留在司机可接收的地点并拍照记录），或通过邮寄、公告方式送达，确保程序合法。

2. 依法强制执行，追究拒不配合责任

• 核心前提：司机不配合不免除其法律责任，执法部门可依法强制执行。
• 具体操作：
  • 行政强制措施：对拒不接受处罚的司机，可暂扣车辆或驾驶证，直至其履行义务。例如，根据《道路交通安全法》第110条，司机逃避处罚的，可扣留机动车至违法状态消除。
  • 申请法院强制执行：若司机拒缴罚款，执法部门可向法院申请强制执行，法院可查封、扣押其财产（如银行账户、车辆）或限制高消费。
  • 行政拘留：对阻碍执法、暴力抗法的司机，可依据《治安管理处罚法》第50条，处5-10日拘留并罚款。

3. 追究企业连带责任（如涉及挂靠或单位车辆）

• 核心前提：若大货车属挂靠经营或单位车辆，企业可能需承担连带责任。
• 具体操作：
  • 调查车辆归属：通过行驶证、运输合同等确认车辆所有权及运营关系。
  • 连带处罚：根据《安全生产法》第114条，若企业未履行安全管理义务（如未定期检查车辆、未培训司机），可对企业处以罚款，甚至责令停业整顿。
  • 信用惩戒：将企业列入“交通违法黑名单”，限制其参与招投标、政府采购等活动。

4. 司机拒不配合的后续法律后果

• 行政处罚升级：司机若长期拒不处理违章，可能面临罚款滞纳金（每日按罚款数额3%加处，最高不超过本金）、驾驶证扣分累积至吊销（如12分扣满需重新考试）。
• 刑事风险：若违章行为涉及重大事故（如超载导致翻车伤人），司机可能构成交通肇事罪，面临3年以下有期徒刑；若逃逸或情节恶劣，可升至3-7年或7年以上有期徒刑。

实务建议

• 执法部门：务必全程录音录像，确保程序无瑕疵；对拒不配合的司机，优先采取留置送达或公告送达，避免因送达问题导致行政复议败诉。
• 企业/车主：若车辆被扣或司机失联，应主动配合调查，提供司机联系方式或雇佣合同，否则可能因“放任违章”被追责。
• 司机本人：拒不配合无助于解决问题，反而可能面临行政拘留、信用惩戒甚至刑事责任，建议尽快接受处罚并整改。

如有具体案件细节（如违章类型、司机态度、车辆归属等），可进一步提供信息，我将为您定制处理方案。