针对镇政府扣押非法营运船只的处理方式，核心结论如下，我将从法律程序、权利救济、后续处理三个角度为您详细分析：

1. 法律程序合法性审查

• 扣押依据：镇政府需依据《行政强制法》《内河交通安全管理条例》或地方性法规行使扣押权，若无法律明确授权（如仅以“内部文件”为依据），则属于程序违法。
• 程序要求：扣押时需当场出具《扣押决定书》，载明船只信息、扣押理由、法律依据及救济途径，并在7日内补办正式手续。若未履行上述程序，您可主张扣押行为无效。

2. 权利救济途径

• 行政复议：自收到扣押决定之日起60日内，向县政府或上级交通主管部门申请复议，要求撤销扣押或确认违法。
• 行政诉讼：若复议未果，可在6个月内向法院起诉，主张镇政府超越职权或程序违法。诉讼中需重点举证扣押决定书的合法性及程序瑕疵。
• 赔偿请求：若扣押导致船只损坏或营运损失，可一并要求国家赔偿，需提供损失证明（如维修发票、营运记录）。

3. 后续处理建议

• 配合调查：若船只确属非法营运（如无证经营、超载等），建议主动接受处罚（如罚款、没收违法所得），以换取从轻处理或解除扣押。
• 证据固定：对扣押过程拍照、录像，保留船只证件、营运记录等证据，防止镇政府以“遗失”为由推诿责任。
• 协商解决：可尝试与镇政府协商，承诺整改后申请提前解除扣押，但需签订书面协议避免反悔。

行动建议：

1. 立即要求镇政府出具书面扣押决定书；
   
2. 核对决定书中的法律依据及程序是否合规；
   
3. 根据情况选择复议或诉讼，并同步准备赔偿证据。
   

若有进一步细节（如扣押期限、船只性质等），可直接向我咨询，我将结合具体情形为您制定应对方案。