当渔船因违反相关规定（如违反禁渔区、禁渔期的规定，或使用禁用的渔具、捕捞方法进行捕捞，以及未取得捕捞许可证进行捕捞等）被扣押后，处理流程通常如下：

一、扣押阶段

1. 调查取证：

   • 执法人员会进行调查取证，确保事实清楚、证据充分。
   • 调查过程中，执法人员不得少于两人，并应向当事人或有关人员出示行政执法证件，记录在案。
   • 现场检查情况会如实记入现场检查笔录，由当事人签署意见并签名或盖章。
   • 当事人有权陈述申辩，执法人员应将当事人的陈述申辩理由记录在案。

2. 报批与告知：

   • 在实施查封、扣押前，执法人员须向农业农村部门（或相关渔业行政主管部门）负责人报告并经批准。
   • 执法人员会通知当事人到场，告知查封、扣押的理由、依据以及当事人依法享有的权利、救济途径。
   • 听取当事人的陈述和申辩，并制作《查封(扣押)现场笔录》。

3. 执行扣押：

   • 执法人员会制作并当场交付《查封(扣押)决定书》和《查封(扣押)财物清单》。
   • 渔船会被妥善保管在指定的场所。

二、处罚决定阶段

1. 回港后处理：

   • 渔船被扣押后，会回港并依法作出和执行行政处罚决定。
   • 处罚决定可能包括罚款、没收违法所得、没收渔具或渔船（在严重违法情况下）等。

2. 当事人权利：

   • 当事人有权对处罚决定提出异议，并可以通过行政复议或行政诉讼等途径进行救济。

三、事后监管与处理

1. 非法财物处理：

   • 对违法事实清楚的，依法应当没收的非法财物（如非法捕捞的渔获物、禁用的渔具等）会被没收。
   • 法律、行政法规规定应当销毁的，会依法销毁。

2. 解除扣押：

   • 如果渔船被扣押后，当事人履行了处罚决定，或者经审查认为扣押措施不再必要，会解除查封、扣押，渔船会被返还给当事人。

3. 责任追究：

   • 如果执法人员或相关部门在扣押、处罚过程中存在违法行为（如没有法律、法规依据实施扣押、违反法定程序、改变扣押对象或条件等），会依法追究相关责任人的责任。

四、建议与注意事项

• 配合执法：当事人在渔船被扣押后，应积极配合执法人员的调查取证工作，如实陈述事实，提供相关证据。
• 了解权利：当事人应了解自己的合法权益，包括陈述申辩权、申请行政复议或提起行政诉讼的权利等。
• 遵守法规：为避免渔船被扣押和处罚，当事人应严格遵守渔业法规，不进行违法捕捞活动。

综上所述，渔船被扣押后的处理流程包括扣押阶段、处罚决定阶段和事后监管与处理阶段。当事人应积极配合执法工作，了解自己的合法权益，并严格遵守渔业法规以避免类似情况的发生。