将中药加工成胶囊是否违法，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：

一、合法情形

1. 已取得相关资质并备案

   • 根据《中医药法》的相关规定，医疗机构（包括中医诊所）若应用传统工艺配制中药制剂，无需取得制剂批准文号，但必须向所在地省、自治区、直辖市人民政府药品监督管理部门备案。在此情况下，将中药加工成胶囊并供患者使用，是合法的。

2. “一人一方”原则下的加工

   • 若医疗机构按照“一人一方”的原则，根据患者的具体病情和体质，开具处方并对中药饮片进行再加工（如打粉、制丸、成膏等），制成胶囊供患者使用，且未改变处方药品的物理属性，这种行为通常不被视为配制制剂，而是中药饮片的再加工或代加工，因此也是合法的。但需注意，这种加工方式应严格遵循医嘱，并确保加工过程的安全性和卫生标准。

二、违法情形

1. 未取得相关资质且未备案

   • 若医疗机构未取得医疗机构制剂许可证、医疗机构制剂注册证或未经药监部门备案，擅自配制中药制剂（包括将中药加工成胶囊），则违反了《药品管理法》和《中医药法》的相关规定，可能面临行政处罚，甚至被认定为生产假药。

2. 超出“一人一方”原则的加工

   • 若医疗机构针对不同患者开具固定处方，且处方固定、价格固定，未针对不同患者体质作出相应的成分、用量、用法及价格调整，则这种行为可能被视为配制制剂行为，而非单纯的中药饮片再加工。在此情况下，若未取得相关资质且未备案，则同样构成违法。

3. 添加非法成分或存在质量问题

   • 若在加工过程中添加了非法成分（如西地那非类成分），或制成的胶囊存在质量问题（如微生物超标、重金属超标等），则不仅违反了药品管理法规，还可能对患者的健康造成严重危害，构成更严重的违法行为。

三、法律建议

• 确保合法资质：医疗机构在将中药加工成胶囊前，应确保已取得相关资质并完成备案手续。
• 遵循医嘱和原则：加工过程应严格遵循医嘱和“一人一方”的原则，确保加工过程的安全性和卫生标准。
• 加强质量监管：医疗机构应加强对加工过程的质量监管，确保制成的胶囊符合药品管理法规的要求。
• 及时咨询专业律师：若对加工过程或相关法规存在疑问，应及时咨询专业律师以获取法律指导。

若您在此方面遇到法律问题或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供全面、专业的法律服务。