中医师自制药丸是否违法，需根据具体情况进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：
合法情况
取得相关许可：
- 中医师若在合法的医疗机构（如中医诊所、中医院等）执业，且该机构已依法取得《医疗机构执业许可证》，同时若要配制制剂，还需取得省级药品监督管理部门核发的《医疗机构制剂许可证》，则中医师在该机构内自制药丸用于临床治疗，通常是被允许的。这是销售或使用自制中药的基本前提。
严格遵循制剂规范：
- 所配制的药丸必须严格按照省级药品监督管理部门批准的标准和工艺进行，包括对原料的采购、验收、储存，以及制剂的生产过程、质量检验等各个环节都要符合相关规范，以确保药品的质量和安全性。若中医师遵循这些规范自制药丸，则通常不构成违法。
在规定范围内使用：
- 自制中药丸一般只能在本医疗机构内凭医生处方使用，不得在市场上销售或广泛推广。若中医师仅是在其执业的医疗机构内，根据患者病情需要自制药丸并用于治疗，且未进行销售或广泛推广，则这种行为通常并不被视为违法。
违法情况
无证配制和销售：
- 若中医师未取得相应的执业资格或所在医疗机构未取得《医疗机构制剂许可证》，而擅自配制和销售自制中药丸，则违反了《中华人民共和国药品管理法》的相关规定。此类行为将按假药论处，并可能面临严重的法律后果，包括罚款、没收违法所得、责令停产停业，甚至可能被追究刑事责任。
违规销售：
- 即使取得了相关许可，但若中医师将自制中药丸超出本医疗机构范围在市场上销售，或者未经批准在互联网等其他渠道销售，也属于违法行为。这将破坏药品市场的秩序，并可能危及患者的健康和安全，同样会面临法律制裁。
质量不符合标准：
- 若配制的自制中药丸不符合省级药品监督管理部门批准的质量标准，存在质量问题，如有效成分含量不足、含有有害物质等，则同样是违法的。这将严重损害患者的权益，并可能引发医疗事故或纠纷，中医师及所在医疗机构需承担相应的法律责任。
总结与建议
对于中医师而言，如果想要自制药丸并用于临床治疗，必须先依法取得相应的执业资格和所在医疗机构的许可，并确保所有行为都符合相关法律法规和规定的要求。同时，也应严格遵守制剂规范，保证药品的质量和安全性。
建议患者选择正规、合法的医疗机构就医购药，以保障自身权益和安全。在面对中医师自制药丸的情况时，患者应保持警惕，仔细核实中医师的资质和药品的来源及质量，以确保自己的健康和安全不受损害。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。