全额拨款单位克扣工资是违法的。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律角度

根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”全额拨款单位作为用人单位，同样需要遵守这一法律规定。如果单位克扣了员工的工资，就违反了这一法律条款，员工有权依法维护自己的合法权益。

二、全额拨款单位的特殊性

全额拨款单位通常指的是财政全额拨款的事业单位，这类单位的经费来源主要依靠财政拨款。然而，这并不意味着单位可以随意克扣员工的工资。无论单位的经费来源如何，都必须遵守国家的劳动法律法规，保障员工的合法权益。

三、克扣工资的可能后果

1. 员工有权要求补发工资：如果单位克扣了员工的工资，员工有权要求单位补发被克扣的工资。
2. 员工可以申请劳动仲裁：如果单位拒绝补发工资，员工可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求单位支付被克扣的工资以及可能的赔偿金。
3. 单位可能面临法律处罚：如果单位的克扣工资行为被认定为违法，除了需要补发工资外，还可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款等。

四、建议与措施

1. 与单位协商：如果员工发现自己的工资被克扣，首先可以尝试与单位进行协商，了解克扣工资的原因，并要求单位补发工资。
2. 收集证据：如果协商无果，员工需要收集相关证据，如工资条、银行转账记录等，以证明自己的工资被克扣。
3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：在收集到足够证据后，员工可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，要求单位支付被克扣的工资以及可能的赔偿金。

总结与提醒：全额拨款单位克扣工资是违法的，员工有权依法维护自己的合法权益。如果遇到这种情况，建议员工先与单位协商，协商无果后再考虑申请劳动仲裁或提起诉讼。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。