在二审发回重审且变更法律关系的案件中，被告确实有权提出诉讼时效抗辩，但这一权利的行使需遵循一定的法律规则和司法实践原则。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与解释
《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第三条：
- 该条规定，当事人在一审期间未提出诉讼时效抗辩，在二审期间提出的，人民法院不予支持，除非其基于新的证据能够证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间。这一规定同样适用于发回重审的情况。即，若当事人在原审一审期间未提出诉讼时效抗辩，原则上在重审时也不能随意提出，但若能提供新的证据证明对方请求权已过诉讼时效期间，则可以提出抗辩。
二审法院的审查与改判原则：
- 如果二审法院认为一审法院未对诉讼时效问题进行审理和裁判存在错误，或者一审法院违反法律规定导致当事人未行使诉讼时效抗辩权的，二审法院可以在查清事实后对诉讼时效问题作出改判，或者直接改判驳回原告的诉讼请求。这一原则在发回重审的案件中同样适用。
二、司法实践中的考量
保障程序安定性：
- 允许当事人在发回重审时随意提出之前未主张的诉讼时效抗辩，可能会导致诉讼程序的不稳定和拖延，影响司法效率和司法权威。因此，法院通常会严格审查当事人未在原审一审提出抗辩的原因是否合理。例如，如果被告在原审中未提出诉讼时效抗辩是因为疏忽或不了解法律，而在重审中突然提出，法院可能会对此进行严格审查。
公平保护当事人权益：
- 在有新的证据出现，使得诉讼时效问题有了新的认定可能的情况下，允许当事人提出诉讼时效抗辩，是为了保障当事人的合法权益，确保案件能够得到公正的处理。例如，如果被告在重新审理过程中找到了新的证据，如证人证言或书面材料，能证明原告在借款到期后很长时间内从未向其主张过权利，且该权利已超过诉讼时效期间，此时被告就可以基于该新证据提出诉讼时效抗辩。
一审法院的重新审理义务：
- 在发回重审的情况下，一审法院应当重新对案件进行审理，包括对诉讼时效的审查。此时，被告完全有权在重新审理的过程中提出诉讼时效抗辩，并且法院也应当依法进行审理和裁判。如果一审法院在重审中未对诉讼时效问题进行审查，被告可以在上诉时提出此问题，要求二审法院进行审查。
三、实际操作中的建议
- 充分准备证据材料：当事人在提出诉讼时效抗辩时，应充分准备相关证据材料，如证人证言、书面材料等，以证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间。
- 咨询专业律师：由于诉讼时效抗辩涉及复杂的法律问题和证据规则，当事人在实际操作中应咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。你可以直接向我咨询相关问题，我会根据你的具体情况提供详细的法律意见。
- 注意提出抗辩的时机：当事人在提出诉讼时效抗辩时，应注意提出抗辩的时机。一般来说，应在法庭辩论终结前提出抗辩，以确保法院能够对此进行审理和裁判。
综上所述，被告在二审发回重审且变更法律关系的案件中提出诉讼时效抗辩是符合法律规定的，但须注意其提出的时机、依据以及法院对此的审查和裁判原则。在实际操作中，当事人应充分准备相关证据材料，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。