结论：在工程合同纠纷中，若甲方未付款，而款项是由其他挂靠公司打入账户，是否可以用这笔钱来支付欠付的工程款，需根据具体情况来判断，一般而言，若该款项性质明确且无其他限制，可用于支付工程款；但若存在款项归属争议或合同限制，则可能无法直接使用。以下从不同角度进行分析：

一、款项性质与归属

1. 款项性质明确：

   • 若挂靠公司打入的款项明确是用于支付该工程的工程款，且没有其他附加条件或限制，那么这笔钱理论上是可以用于支付欠付的工程款的。
   • 这种情况下，关键在于确认款项的来源和用途是否与工程款支付直接相关。

2. 款项归属存在争议：

   • 若挂靠公司打入的款项性质不明确，或者存在其他挂靠公司、甲方或第三方对该款项的归属提出异议，那么就不能直接将其用于支付工程款。
   • 在这种情况下，需要先通过法律途径解决款项归属问题，再确定是否可以用于支付工程款。

二、合同条款与约定

1. 合同中有明确约定：

   • 如果工程合同中明确规定了工程款的支付方式、支付账户以及支付来源等，那么就需要严格按照合同约定来执行。
   • 若合同中规定工程款必须由甲方直接支付，或者指定了特定的支付账户，那么即使挂靠公司打入了款项，也可能无法直接用于支付工程款。

2. 合同中无明确约定：

   • 如果合同中没有对工程款的支付方式、支付账户等做出明确约定，那么在实际操作中，可以根据实际情况和双方协商的结果来确定是否可以使用挂靠公司打入的款项来支付工程款。
   • 但这种情况下，也需要确保款项的使用不会违反相关法律法规或损害其他方的合法权益。

三、法律后果与风险

1. 合法使用款项：

   • 如果能够确认挂靠公司打入的款项可以用于支付工程款，并且在实际操作中严格按照相关法律法规和合同约定来执行，那么这种使用方式是合法的，不会引发法律纠纷。

2. 违法使用款项：

   • 如果未经确认或违反相关法律法规和合同约定，擅自使用挂靠公司打入的款项来支付工程款，可能会引发法律纠纷，甚至面临法律责任。
   • 例如，如果款项实际上属于其他挂靠公司或第三方所有，而未经其同意就擅自使用，可能会构成侵权或违约行为。

建议与措施

• 确认款项性质与归属：在决定是否使用挂靠公司打入的款项来支付工程款之前，务必先确认款项的性质和归属是否明确。
• 审查合同条款：仔细审查工程合同中的相关条款和约定，确保款项的使用符合合同要求。
• 咨询专业律师：如果存在任何疑问或不确定的情况，建议及时咨询专业律师以获取法律意见和指导。

在实际操作中，务必谨慎处理此类问题，以确保自身权益不受损害。如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。