结论前置：

1. 若该票据纠纷适用《中华人民共和国票据法》规定的追索权时效，则诉讼时效已过。
2. 若该票据纠纷适用《中华人民共和国民法典》规定的普通诉讼时效，则诉讼时效未过。

详细分析：

首先，我们需要明确的是，票据纠纷的诉讼时效问题，主要涉及到两个法律：一是《中华人民共和国票据法》，二是《中华人民共和国民法典》（在民法典实施前，主要依据《中华人民共和国民法通则》等相关规定）。这两个法律对于诉讼时效的规定存在差异。

一、依据《中华人民共和国票据法》的规定

根据《中华人民共和国票据法》第十七条：“票据权利在下列期限内不行使而消灭：……（三）持票人对前手的追索权，自被拒绝承兑或者被拒绝付款之日起六个月；（四）持票人对前手的再追索权，自清偿日或者被提起诉讼之日起三个月。持票人对出票人和承兑人的权利，自票据到期日起二年。见票即付的汇票、本票，自出票日起二年。”

若按照此规定，且假设该票据为见票即付或已到期票据，持票人应在票据到期日或出票日起二年内行使权利。但用户问题中提到的是“线上票据系统同意清偿已签收但3年内未支付”，且“持票人期间未追索过”。若从票据到期日或出票日起算已超过二年，且持票人未在此期间内行使追索权，则按照《票据法》的规定，诉讼时效已过。

二、依据《中华人民共和国民法典》的规定

然而，我们也需要考虑《中华人民共和国民法典》的相关规定。根据《民法典》第一百八十八条：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。”

在票据纠纷中，如果票据关系被转化为普通的债权债务关系（例如，因票据基础关系产生的纠纷），则可能适用《民法典》规定的三年诉讼时效。在此情况下，若从票据系统同意清偿已签收之日起算未超过三年，则诉讼时效未过。

三、综合判断与建议

1. 若票据纠纷主要依据《票据法》：且从票据到期日或出票日起算已超过二年，持票人未行使追索权，则诉讼时效已过。持票人可能因此丧失对前手或出票人的追索权。

2. 若票据纠纷可转化为普通债权债务关系：或主要依据《民法典》的相关规定，且从票据系统同意清偿已签收之日起算未超过三年，则诉讼时效未过。持票人仍可依法行使权利。

建议：

• 持票人应仔细审查票据类型、票据到期日或出票日、以及票据系统同意清偿的日期等关键信息，以确定适用的法律及诉讼时效。
• 若诉讼时效即将届满或已届满，持票人应尽快采取法律措施，如向法院提起诉讼或向债务人发出催款通知等，以中断诉讼时效并保护自身权益。
• 在处理票据纠纷时，持票人应咨询专业律师，以确保自身权益得到充分保护。

如有任何进一步的问题或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。