在交通事故致两人死亡且肇事者负主要责任的情况下，检察院有可能做出不起诉决定，但这种情况较为特殊且需要满足一定条件。以下从不同角度为您详细分析：
一、不起诉的法定情形
根据《刑事诉讼法》的相关规定，不起诉主要分为法定不起诉、酌定不起诉和证据不足不起诉三种情形。
法定不起诉：
- 若肇事者的行为情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪，或者存在犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚等法定情形，检察院应当作出不起诉决定。
- 但在交通事故致两人死亡且负主责的情况下，这种法定不起诉的情形较为罕见，因为此类案件通常涉及较为严重的社会危害性和公共安全影响。
酌定不起诉：
- 酌定不起诉，也称为相对不起诉，是指检察院在审查起诉过程中，认为犯罪嫌疑人的犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，可以作出不起诉决定。
- 在交通事故致两人死亡且负主责的案件中，如果肇事者有悔罪表现，如积极赔偿死者家属的经济损失并取得谅解，同时符合其他酌定不起诉的条件（如初犯、偶犯、认罪态度好等），检察院有可能酌情决定不起诉。但这种情况需要检察院综合全案情节进行考量，并非必然结果。
证据不足不起诉：
- 如果经过补充侦查后，证据仍然不足，不符合起诉条件，检察院应当作出不起诉决定。
- 但在交通事故致两人死亡的案件中，由于通常会有较为充分的证据（如现场勘查报告、证人证言、鉴定意见等），因此证据不足不起诉的情形相对较少。
二、影响不起诉决定的其他因素
除了上述法定情形外，还有一些其他因素可能影响检察院是否作出不起诉决定：
社会影响：交通事故致两人死亡属于较为严重的社会事件，可能引发公众关注和舆论压力。检察院在作出不起诉决定时，会考虑社会影响和公众反应。
受害者家属的态度：虽然受害者家属的谅解书不是法定不起诉的依据，但他们的态度可能影响检察院的决策。如果受害者家属强烈要求起诉，检察院可能会更加谨慎地考虑不起诉的决定。
肇事者的个人情况：如肇事者的年龄、健康状况、是否初犯、偶犯等个人情况，也可能影响检察院的决策。例如，对于初犯、偶犯且认罪态度好的肇事者，检察院可能会更加倾向于作出不起诉决定。
三、法律建议
对于肇事者而言：
- 如果希望获得不起诉的决定，应积极配合司法机关的调查和处理，如实陈述事实，表现出真诚的悔罪态度。
- 积极赔偿死者家属的经济损失，并争取取得他们的谅解。这有助于在量刑时获得从轻处理，也可能增加不起诉的可能性。
- 咨询专业律师，了解自己的法律权利和义务，以及可能面临的法律后果。律师可以提供专业的法律建议和辩护策略。
对于受害者家属而言：
- 应了解自己的民事权利，包括要求肇事者承担民事赔偿责任的权利。
- 如果对检察院的不起诉决定有异议，可以依法申请复议或向上一级检察院申诉。
- 也可以考虑通过民事诉讼的方式维护自己的合法权益。
综上所述，交通事故致两人死亡且肇事者负主要责任的情况下，检察院有可能做出不起诉决定，但这种情况需要满足一定条件且较为特殊。如果您或您身边的人遇到此类问题，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。