在开车撞死人且负主要责任的情况下，检察院有可能不予起诉，但这取决于多种因素。以下是对此问题的详细分析：
法定不起诉的情形：
- 若行为情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪，检察院可作出不起诉决定。例如，因不可抗力等意外因素导致撞死人，且驾驶人在整个过程中没有过错。
- 其他法定不起诉的情形包括：犯罪已过追诉时效期限；经特赦令免除刑罚；依照刑法规定属于告诉才处理的犯罪，且没有告诉或已撤回告诉；犯罪嫌疑人、被告人已死亡；以及其他法律规定免予追究刑事责任的情况。
酌定不起诉（情节轻微不起诉）：
- 若犯罪嫌疑人虽然造成他人死亡且负主要责任，但犯罪情节相对轻微，且悔罪态度良好，如主动自首、立功、与被害人家属达成和解协议并积极赔偿取得谅解等，检察院可以基于社会危害性较低和改造可能性较大的考虑，决定不起诉。
证据不足不起诉：
- 若案件关键证据存在瑕疵，无法确切证明犯罪嫌疑人负主要责任，或对被害人死因的鉴定存在疑问，不能排除其他因素导致死亡结果等情况，致使案件证据达不到确实、充分的起诉标准，检察院应当作出不起诉决定。
需要注意的是，即使检察院决定不起诉，肇事者仍需承担民事赔偿责任，包括医疗费、丧葬费、死亡赔偿金等各项合理费用。同时，根据《道路交通安全法》，发生重大交通事故构成犯罪的，公安机关交通管理部门将吊销机动车驾驶证，且在一定期限内（如二年）不得重新申请。
综上所述，检察院是否起诉需综合考量多种因素，包括犯罪情节、悔罪态度、赔偿情况以及证据是否充分等。肇事者应积极配合调查，真诚悔罪，积极赔偿并取得谅解，以争取最佳的法律结果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。