行政执法过程中对部分已查清事实进行处罚，其合法性需结合具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 处罚的合法性基础

• 事实清楚、证据确凿：行政处罚的核心在于事实清楚、证据确凿。如果行政机关在执法过程中，已经查清了与违法行为直接相关的部分事实，并且这些事实足以支持处罚决定的作出，那么基于这些已查清的事实进行处罚，在法律上是站得住脚的。例如，在交通违法案件中，如果监控录像清晰记录了车辆闯红灯的行为，即使驾驶员的身份或其他细节尚未完全查清，也不影响对闯红灯这一违法事实的认定和处罚。

• 法律规定的处罚要件：行政处罚必须符合法律规定的处罚要件。这包括违法行为的构成要件、处罚的种类和幅度等。如果已查清的事实满足了法律规定的处罚要件，那么行政机关有权据此作出处罚决定。

2. 可能存在的合法性争议

• 事实未完全查清：如果行政机关仅对部分事实进行了查清，而其他与违法行为密切相关的事实尚未查清，那么此时作出的处罚决定可能存在合法性争议。因为，未查清的事实可能影响违法行为的性质、情节或后果的认定，从而影响处罚的适当性和公正性。例如，在环境污染案件中，如果仅查清了污染物的排放量，但未查清污染物的来源或排放方式，那么可能无法准确判断污染行为的严重性和责任主体。

• 程序瑕疵：行政处罚的程序必须合法。如果行政机关在处罚过程中存在程序瑕疵，如未告知当事人权利、未听取当事人陈述申辩等，那么即使已查清的事实支持处罚决定的作出，该处罚决定也可能因程序违法而被撤销或确认无效。

3. 法律建议

• 全面查清事实：行政机关在执法过程中应尽可能全面查清与违法行为相关的事实，确保处罚决定的作出有充分的事实依据。

• 严格遵守程序：行政机关应严格遵守行政处罚的程序规定，确保当事人的合法权益得到保障。

• 审慎作出处罚：在事实未完全查清或存在程序瑕疵的情况下，行政机关应审慎作出处罚决定，避免引发合法性争议。

举例说明：

假设某行政机关在查处一起非法经营案件时，仅查清了当事人非法经营的部分商品和金额，但未查清这些商品的具体来源或销售方式。此时，如果行政机关仅基于已查清的事实对当事人进行处罚，可能会因事实未完全查清而引发合法性争议。因为，商品的具体来源或销售方式可能影响违法行为的性质、情节或后果的认定。

后续行动建议：

如果您或您所在的机构在行政执法过程中遇到了类似问题，建议及时咨询专业律师，对已查清的事实和未查清的事实进行全面评估，确保处罚决定的作出有充分的事实依据和法律依据。同时，也应关注处罚程序的合法性，避免因程序瑕疵而引发不必要的法律风险。

有问题可以直接向我咨询，我会结合您的具体情况，给出更详细的法律建议。