规章制度中部分内容不合法，并不会导致整个规章制度全部无效，而是仅该不合法的部分无效。下面我将从法律角度详细解释这一结论：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同或规章制度中的部分条款无效，并不影响其他部分的效力，除非其他部分与无效部分存在不可分割的紧密联系，或者无效部分导致整个合同或规章制度的目的无法实现。
具体解释：
- 规章制度作为公司内部管理或合同约定的组成部分，其内容应当符合法律法规的规定。当规章制度中的某一条款或部分内容因违反法律法规而被认定为无效时，该无效部分并不具有法律约束力。
- 然而，这并不意味着整个规章制度都因此无效。规章制度的其他部分，如果内容合法、有效，并且能够独立存在，不依赖于无效部分，那么这些部分仍然具有法律效力。
实际影响：
- 对于公司而言，如果发现规章制度中存在不合法的条款，应当及时予以修改或删除，以避免可能的法律风险。
- 对于员工或合同相对方而言，如果规章制度中的某部分被认定为无效，可以依据相关法律法规主张自己的权益，但不应因此否定整个规章制度的效力。
综上所述，规章制度中部分内容不合法，并不会导致整个规章制度全部无效，而是仅该不合法的部分无效。如果您在实际操作中遇到类似问题，可以进一步向我咨询，我将为您提供更具体的法律建议。