在处理一个买卖交易中开具了两个公司发票的情况，并涉及卖方起诉时，主题的确定需综合考虑多个因素。以下是对此问题的详细分析：

1. 核心合同关系的识别：

   • 首先，需明确买卖合同中的核心卖方与买方是谁，以及发票开具的两个公司分别与核心合同关系的关联。
   • 若两个公司均为卖方或均参与卖方业务，则需根据合同内容、交易习惯及实际履行情况，判断哪个公司或哪些公司共同作为卖方主体。

2. 发票开具的合法性与合规性：

   • 审查两张发票的开具是否符合税法规定，是否存在虚开、错开等情形。
   • 发票的开具应与实际交易相符，若存在不符，可能影响诉讼主体的确定及后续的法律责任承担。

3. 诉讼主体的确定：

   • 基于上述分析，若两个公司均作为卖方参与交易，且均对交易有实质性的贡献或权益，则可能需共同作为原告起诉。
   • 若其中一个公司仅为代开发票或辅助角色，则应根据实际情况确定主要的诉讼主体。
   • 同时，需考虑买方在交易中的地位及责任，以确定是否将其列为被告。

4. 诉讼请求的明确：

   • 根据交易的具体情况及纠纷的性质，明确诉讼请求，如要求支付货款、赔偿损失等。
   • 诉讼请求应与诉讼主体及事实依据相匹配，确保诉讼的合法性与合理性。

综上所述，在确定卖方起诉的主题时，应综合考虑合同关系、发票开具的合法性与合规性、诉讼主体的确定以及诉讼请求的明确等多个方面。若您在具体案件中遇到此类问题，建议详细咨询并提供相关证据材料，以便进行更准确的分析与判断。