医师与拟备案的医疗机构签订的协议，在符合法律法规且不存在无效情形的前提下，是有效的。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、协议有效的法律基础

1. 合同自由原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。医师与拟备案的医疗机构在平等、自愿的基础上签订协议，符合合同自由原则。

2. 合法合规性：

   • 协议内容必须符合法律法规的规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。只要协议内容合法合规，且双方意思表示真实，协议即具有法律效力。

二、协议可能无效的情形

1. 违反法律法规的强制性规定：

   • 如果协议内容违反了法律、行政法规的强制性规定，如医师不具备执业资格而签订执业协议，或者医疗机构未取得合法资质而签订协议等，这些协议可能被认定为无效。

2. 恶意串通损害他人利益：

   • 如果医师与医疗机构恶意串通，损害国家、集体或者第三人的利益，如通过虚假协议骗取医保资金等，这些协议同样可能被认定为无效。

3. 以合法形式掩盖非法目的：

   • 如果协议表面上合法，但实际上是为了掩盖非法目的，如通过协议进行洗钱、逃税等违法行为，这些协议也将被认定为无效。

三、协议有效的具体条件

1. 医师具备执业资格：

   • 医师必须具备相应的执业资格，且执业范围与协议内容相符。这是医师与医疗机构签订协议的基本前提。

2. 医疗机构具备合法资质：

   • 医疗机构必须取得合法的医疗执业资质，包括医疗机构执业许可证等。只有具备合法资质的医疗机构才能与医师签订有效的执业协议。

3. 协议内容明确具体：

   • 协议内容必须明确具体，包括双方的权利义务、工作内容、工作地点、工作时间、薪酬待遇等。这是确保协议有效执行的重要基础。

4. 双方意思表示真实：

   • 医师与医疗机构在签订协议时，必须确保双方的意思表示真实，不存在欺诈、胁迫等情形。这是协议具有法律效力的基本要求。

四、法律建议

1. 审查协议内容：

   • 在签订协议前，医师应仔细审查协议内容，确保协议内容合法合规、明确具体，且符合自己的真实意愿。

2. 核实医疗机构资质：

   • 医师应核实医疗机构的合法资质，包括医疗机构执业许可证等，确保与具备合法资质的医疗机构签订协议。

3. 咨询专业律师：

   • 如果对协议内容或法律效力存在疑问，医师可以咨询专业律师，以获取更准确的法律意见。不过，就本问题而言，您可以直接向我咨询，我会提供专业的法律解答。

总结来看，医师与拟备案的医疗机构签订的协议，在符合法律法规、不存在无效情形，且双方意思表示真实的前提下，是有效的。医师在签订协议前应仔细审查协议内容、核实医疗机构资质，并在必要时咨询专业律师。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我提问。