针对您提出的“没有二类医疗器械备案签署代理协议，代理协议是否有效”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，我们需要明确的是，从事第二类医疗器械经营的企业，必须按照《医疗器械监督管理条例》的规定，向所在地设区的市级人民政府负责药品监督管理的部门进行备案。这是开展第二类医疗器械经营活动的法定前提条件。

接下来，我们分析代理协议的有效性。代理协议的有效性通常取决于多个因素，包括但不限于协议双方的主体资格、协议内容是否合法、是否违反了法律法规的强制性规定等。在您所描述的情况下，如果代理协议涉及的是第二类医疗器械的经营活动，而签署协议的一方或双方未按照法律规定进行备案，那么该代理协议可能因违反法律法规的强制性规定而面临无效的风险。

具体来说，如果未备案的企业或个人以代理人的身份签署了关于第二类医疗器械的代理协议，并试图通过该协议进行经营活动，那么这种行为很可能被视为非法经营。一旦被发现，相关企业或个人不仅可能面临行政处罚，如责令改正、没收违法所得、罚款等，还可能因代理协议的违法性而承担民事责任，如赔偿因协议无效给对方造成的损失等。

此外，即使代理协议在形式上看起来完备无缺，但如果其内容涉及非法经营活动，如未经备案从事第二类医疗器械经营，那么该协议也是无效的。因为法律不会保护非法行为所产生的利益。

综上所述，没有二类医疗器械备案签署的代理协议，其有效性是存疑的，很可能因违反法律法规的强制性规定而无效。因此，建议您在签署任何涉及第二类医疗器械的代理协议之前，务必确保相关企业或个人已经按照法律规定进行了备案，并仔细审查协议内容，确保其合法合规。如果遇到任何疑问或不确定的情况，建议咨询专业的法律人士或相关监管部门以获取准确的指导和建议。