医师有合作协议并不意味着可以不在多机构进行备案。以下从不同角度对此问题进行分析：

1. 法律法规要求：

   • 根据相关法律法规，医师在多个医疗机构执业时，通常需要进行多点执业备案。这是为了确保医疗行为的规范性和可追溯性，保障患者的权益。合作协议本身并不能替代或免除这一备案义务。
   • 备案制度有助于监管部门对医师的执业行为进行监督和管理，确保医师在不同医疗机构执业时遵守相同的医疗规范和标准。

2. 合作协议的性质与效力：

   • 合作协议是医师与医疗机构之间就合作事项达成的协议，它主要规范双方的权利和义务，如合作期限、合作内容、收益分配等。
   • 合作协议并不涉及医师执业的合法性和合规性问题，因此不能作为医师不在多机构备案的依据。

3. 未备案的法律后果：

   • 如果医师未按照规定进行多点执业备案，可能会面临行政处罚，如警告、罚款等。
   • 在严重情况下，未备案的执业行为可能被视为非法行医，医师可能承担更严重的法律责任，包括刑事责任。

4. 实际操作建议：

   • 医师在计划在多个医疗机构执业时，应首先了解并遵守当地的法律法规和备案要求。
   • 与医疗机构签订合作协议时，应明确双方在备案方面的责任和义务，确保合作协议的内容符合法律法规的要求。
   • 如遇备案问题或疑问，应及时向当地卫生行政部门或相关机构咨询，以确保执业行为的合法性和合规性。

总结来说，医师有合作协议并不意味着可以不在多机构进行备案。医师应严格遵守相关法律法规和备案要求，确保执业行为的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。