员工因交通事故受伤并被认定为工伤时，即使已经获得交通事故赔付的误工费，公司仍然需要支付其停工留薪期间的工伤工资。这一结论主要基于以下几点法律分析和实践情况：
一、法律性质不同
- 交通事故赔偿：基于侵权责任，是对受害人因交通事故所遭受损失的补偿，包括误工费。其目的在于弥补受害人因无法正常工作导致的收入减少。
- 工伤赔偿：基于劳动关系，是职工因工作原因受到事故伤害后依法享受的工伤保险待遇。其中，停工留薪期工资是用人单位对工伤职工在停工治疗期间应享受的工资福利待遇的保障。
二、相关法律规定
- 《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第三条：依法应当参加工伤保险统筹的用人单位的劳动者，因工伤事故遭受人身损害，应按《工伤保险条例》处理；同时，因第三人侵权造成的损害，赔偿权利人可请求第三人承担民事责任。
- 《工伤保险条例》第三十三条：明确规定，职工因工作遭受事故伤害需暂停工作接受治疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
三、具体实践情况
兼得模式（双赔）：
- 在大多数情况下，除医疗费用等少数不能重复赔偿的项目外，职工可以同时获得交通事故侵权赔偿和工伤赔偿。误工费和停工留薪期工资在性质和功能上不同，不存在重复赔偿问题。前者是对交通事故导致的收入损失的赔偿，后者是用人单位对工伤职工的工资福利保障。
- 例如，职工小王上班途中发生交通事故并认定为工伤，对方负主要责任。小王在获得交通事故责任方赔付的误工费后，公司仍应按原工资福利待遇标准支付其停工留薪期工资。
特殊情况：
- 在少数地区，可能采取补充模式。即若职工已从交通事故侵权方获得误工费赔偿，且该金额高于或等于职工本人工资标准，用人单位可能不再支付或补足差额部分的停工留薪期工资。但这种情况需根据当地具体法律法规确定，且并非普遍现象。
四、法律建议
- 同步启动两个程序：员工在发生交通事故并被认定为工伤后，应同时启动交通事故赔偿和工伤赔偿两个程序，以确保自己的合法权益得到充分保障。
- 分类固定证据链：员工应分别准备交通事故赔偿和工伤赔偿所需的证据材料，如交通事故责任认定书、医疗证明、工资流水等，以便在需要时提供。
- 应对单位拒付策略：若公司以“已赔误工费”为由拒付停工留薪期工资，员工可通过书面催告、劳动仲裁等法律手段维护自己的权益。具体操作包括寄送《支付停工工资通知书》、提交工伤认定书、劳动合同、工资流水等证据材料进行劳动仲裁，并在仲裁生效后申请强制执行。
总结：交通事故赔付的误工费与工伤工资的支付是两个独立的法律体系下的赔偿项目，它们之间并不冲突，也不能相互替代。员工因交通事故获得的误工费赔偿，不影响其同时享受工伤保险待遇的权利。因此，即使员工已获得交通事故的误工费赔付，公司仍需按照工伤保险的规定，支付其在停工留薪期间的工伤工资。这是法律赋予员工的合法权益，也是公司应当履行的法定义务。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。