结论：员工用支付宝帮公司付款是否违法需分情况讨论，一般不直接构成违法，但可能涉及财务合规、税务及内部管理风险，需根据具体情形处理。以下是详细分析：

1. 若公司明确授权员工代付，且资金流向合法

• 不违法：若公司通过书面或口头形式授权员工使用个人支付宝账户代为支付公司款项（如采购、差旅等），且资金最终用于公司合法经营，属于公司内部财务管理方式，不违反法律。
  
• 风险点：需确保代付行为有完整记录（如付款凭证、报销流程），避免因资金混同导致税务或审计问题。例如，若代付后未及时报销，可能被误认为员工个人收入，引发个人所得税争议。

2. 若员工未经授权擅自使用个人账户支付公司款项

• 可能违法：若员工未经公司同意，擅自用个人支付宝支付公司债务或费用，可能涉及以下问题：
  
  • 职务侵占风险：若员工将代付行为与个人利益挂钩（如收取回扣、虚报金额），可能构成职务侵占罪（《刑法》第271条）。
    
  • 无权代理：未经公司授权的代付行为，可能被视为无权代理，公司有权拒绝承认该付款效力，导致员工需自行承担损失。
    
• 处理建议：公司应立即制止该行为，要求员工说明资金去向，并追回不当利益；若涉及犯罪，应报警处理。

3. 税务合规风险

• 发票与资金流不一致：若公司通过员工个人账户支付款项，但未取得合规发票（如以员工名义开具发票），可能导致增值税无法抵扣、企业所得税前无法扣除，甚至被税务机关认定为“隐匿收入”或“虚开发票”。
  
• 处理建议：公司应规范付款流程，避免通过个人账户处理公司财务；若已发生代付，需及时补开发票并调整账务，确保“四流一致”（合同流、资金流、货物流、发票流）。

4. 内部管理建议

• 完善制度：公司应制定《财务付款管理制度》，明确禁止员工未经授权代付公司款项，并规定违规责任。
  
• 使用对公账户：优先通过公司对公账户完成付款，确保资金流向透明。
  
• 紧急情况处理：若因特殊原因需员工代付（如境外支付、紧急采购），应提前签署授权书，并要求员工保留付款凭证，后续通过报销流程冲抵。

总结：员工用支付宝帮公司付款本身不违法，但需满足“公司授权+资金合法+税务合规”三个条件。公司应加强财务管理，避免因代付行为引发法律风险。如有具体案例或纠纷，可直接向我咨询，我将结合细节提供进一步分析。