母公司在全资子公司土地上建厂房是否合法，不能一概而论，需结合具体情况分析。以下从不同角度进行详细阐述：
一、土地使用权归属角度
若土地使用权归子公司所有：
- 母公司作为子公司的全资股东，并不直接享有子公司的土地使用权。
- 母公司若要在该土地上建厂房，需与子公司签订土地租赁或使用协议，明确双方的权利义务，包括土地使用期限、费用、建设规范等。
- 若未经子公司同意，母公司擅自占用土地建厂房，则构成侵权，子公司有权要求母公司停止侵害、恢复原状并赔偿损失。
若土地使用权通过合法方式转移至母公司：
- 母公司可通过与子公司签订土地转让协议，并依法办理土地使用权变更登记手续，取得土地使用权。
- 在取得土地使用权后，母公司有权在该土地上建厂房，但需遵守相关规划、建设等法律法规。
二、公司治理与内部决策角度
子公司独立法人地位：
- 子公司作为独立法人，拥有独立的财产权和经营权。
- 母公司作为股东，应尊重子公司的独立法人地位，不得干涉子公司的正常经营活动，除非通过合法程序（如股东会决议）行使股东权利。
内部决策程序：
- 若母公司拟在子公司土地上建厂房，应通过子公司股东会或董事会等内部决策程序进行审议和决策。
- 决策过程中应充分考虑子公司的利益和其他股东的权益，确保决策合法合规。
三、法律法规与规划建设角度
遵守土地管理法规：
- 无论土地使用权归属何方，建厂房均需遵守《土地管理法》、《城乡规划法》等相关法律法规。
- 需依法办理用地审批、规划许可、施工许可等手续，确保建设活动合法合规。
规划与建设要求：
- 建厂房需符合当地城乡规划和土地利用总体规划。
- 需按照规划要求进行建设，不得擅自改变土地用途或建设规模。
法律建议与风险提示
法律建议：
- 母公司拟在全资子公司土地上建厂房前，应先明确土地使用权归属。
- 若土地使用权归子公司所有，应与子公司签订土地租赁或使用协议，并依法办理相关手续。
- 若拟通过转让方式取得土地使用权，应依法签订转让协议并办理变更登记手续。
- 在整个过程中，应遵守相关法律法规和规划建设要求，确保建设活动合法合规。
风险提示：
- 若未经合法程序擅自占用土地建厂房，可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得等）和民事赔偿（如赔偿子公司损失等）风险。
- 若建设活动违反规划或建设要求，可能面临责令停止建设、限期拆除等风险。
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