关于物流公司购进100万车辆是否合法的问题，不能一概而论，需要结合具体情况进行分析。以下是从不同角度给出的详细解答：
合同效力角度：
- 如果物流公司与车辆销售方签订了合法有效的购车合同，并且合同内容不违反法律法规的强制性规定，那么该购车行为在合同层面是合法的。
- 购车合同应当明确车辆的品牌、型号、价格、交付方式、付款方式等关键条款，以确保双方权益得到保障。
资金来源与用途角度：
- 物流公司购进车辆的资金来源应当合法，不能是非法所得或洗钱资金。
- 购车资金应当用于购买车辆，不能挪作他用，否则可能涉及资金违规使用的问题。
- 如果物流公司使用自有资金或合法融资方式购进车辆，且资金用途符合合同约定和法律规定，那么该购车行为是合法的。
车辆登记与使用角度：
- 物流公司购进车辆后，应当按照相关规定办理车辆登记手续，取得车辆行驶证和号牌。
- 车辆应当符合国家安全技术标准，不得使用报废、拼装或存在安全隐患的车辆进行运营。
- 如果物流公司按照规定办理了车辆登记手续，并且车辆符合安全技术标准，那么该购车行为在车辆登记与使用层面是合法的。
税务与合规角度：
- 物流公司购进车辆时，应当依法缴纳相关税费，如车辆购置税、增值税等。
- 购车行为应当符合国家税收政策和相关法律法规的规定，不得存在偷税漏税等违法行为。
- 如果物流公司按照规定缴纳了相关税费，并且购车行为符合税收政策和法律法规的规定，那么该购车行为在税务与合规层面是合法的。
可能存在的法律风险与后果：
- 如果物流公司的购车行为存在合同欺诈、资金违规使用、车辆未登记或不符合安全技术标准、偷税漏税等违法行为，那么可能面临法律制裁，包括罚款、没收违法所得、吊销营业执照等。
- 此外，如果购车行为涉及刑事犯罪，如诈骗、洗钱等，相关责任人员还可能面临刑事处罚。
建议：
- 物流公司在购进车辆前，应当仔细审查购车合同的条款，确保合同内容合法有效。
- 物流公司应当确保购车资金来源合法，并且资金用途符合合同约定和法律规定。
- 物流公司应当按照规定办理车辆登记手续，并且确保车辆符合国家安全技术标准。
- 物流公司应当依法缴纳相关税费，并且确保购车行为符合税收政策和相关法律法规的规定。
如果您在物流公司购进车辆的过程中遇到任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。