公司车辆100万卖5万，只要买卖双方达成合意，且不违反相关法律法规，即是合法的。针对此问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 买卖行为的合法性

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国合同法》第四条，当事人依法享有自愿订立合同的权利，任何单位和个人不得非法干预。因此，公司车辆以100万购进，以5万卖出，只要买卖双方基于真实意愿达成合意，即构成合法的买卖合同关系。
2. 价格合理性：虽然车辆原价100万，但卖出价格5万可能因多种因素导致，如车辆折旧、市场供需关系、车辆状况等。法律并不强制要求卖出价格必须等于或高于购进价格，因此价格本身并不构成违法。

二. 可能涉及的法律风险

1. 税收问题：车辆买卖可能涉及增值税、所得税等税种。公司在卖出车辆时，应依法申报并缴纳相关税费，否则可能构成偷税、逃税等违法行为。
2. 国有资产流失：如果公司是国有企业，且车辆属于国有资产，那么低价卖出可能涉及国有资产流失的问题。此时，需遵守国有资产管理的相关规定，确保交易合法合规。

三. 建议与注意事项

• 在进行车辆买卖时，双方应签订正式的买卖合同，明确车辆状况、价格、交付方式等条款，以保障各自权益。
• 公司应确保交易过程符合相关法律法规要求，特别是税收和国有资产管理方面的规定。
• 如交易涉及复杂法律问题或潜在风险，建议咨询专业法律顾问以获取更具体的法律意见。

综上所述，公司车辆100万卖5万，在买卖双方达成合意且不违反相关法律法规的前提下，是合法的。但公司应关注可能涉及的税收和国有资产流失问题，确保交易合法合规。如有进一步需要，您可以继续咨询我。