与自然人签订的施工合同约定了保证金，要求退还时，适用的案由通常为“建设工程施工合同纠纷”中的保证金返还纠纷。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、案由确定的基本原则
在民事诉讼中，案由的确定应当依据当事人的诉讼请求。当您依据与自然人签订的建设工程施工合同，诉请返还保证金时，这属于因履行建设工程施工合同而引发的纠纷。因此，从诉讼请求的角度来看，案由应确定为与建设工程施工合同相关的纠纷类型。
二、建设工程施工合同纠纷的具体适用
合同实际履行情况：
- 如果合同已经实际履行，但因各种原因（如工程质量问题、工期延误等）导致需要退还保证金，那么案由直接确定为“建设工程施工合同纠纷”中的相应子类型（如工程质量纠纷、工期纠纷等），同时涉及保证金的返还。
- 如果合同未实际履行，即双方签订了施工合同并缴纳了保证金，但后续并未进行施工，现要求返还保证金，这种情况同样属于因履行建设工程施工合同而引发的纠纷。根据相关法律规定和司法实践，此类纠纷也通常被纳入“建设工程施工合同纠纷”的范畴进行审理。
专属管辖的考虑：
- 根据《民事诉讼法》及其司法解释的规定，建设工程施工合同纠纷适用不动产纠纷的专属管辖原则，即由不动产所在地人民法院管辖。这一规定同样适用于因建设工程施工合同引发的保证金返还纠纷。
- 需要注意的是，虽然合同未实际履行，但在起诉与受理阶段，案由的确定应当依据当事人的诉讼请求，而非合同的实际履行情况。因此，即使合同未实际履行，也不影响案由的确定和专属管辖的适用。
三、法律建议与风险提示
明确诉讼请求：
- 在提起诉讼时，您应明确诉讼请求为要求返还保证金，并说明返还的理由和依据。这有助于法院准确确定案由和审理范围。
准备相关证据：
- 您应准备与施工合同相关的证据材料，如合同文本、保证金缴纳凭证、未施工的原因说明等。这些证据材料将有助于证明您的诉讼请求和事实依据。
注意诉讼时效：
- 根据《民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。因此，您应在知道或应当知道权利受到损害之日起三年内提起诉讼，以免丧失胜诉权。
考虑调解或仲裁：
- 在诉讼前或诉讼过程中，您可以考虑与对方进行调解或选择仲裁方式解决纠纷。这有助于节省时间和成本，并可能达到更好的解决效果。
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