以旷工为由克扣工资是否合法，需分情况讨论：
一、合法情形
制度合规且扣款合理：
- 若企业规章制度明确规定了旷工的处罚措施（如扣减当日工资），且该制度经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商确定）并公示或告知了员工，则扣款行为具有合法性。
- 扣款比例需合理，通常按旷工天数乘以日工资计算扣款金额，且单次扣款不得超过月工资的20%，扣款后实发工资不得低于当地最低工资标准。
造成经济损失时的赔偿：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，若劳动者旷工给用人单位造成了经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，并从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
二、违法情形
制度未公示或未经过民主程序：
- 若企业规章制度未公示或未经过民主程序制定，则扣款行为可能被认定为违法。例如，某公司因未证明员工知晓考勤制度，其扣款主张被法院驳回。
超比例扣款或无证据支持：
- 若企业扣款比例超过月工资的20%，或扣款后实发工资低于当地最低工资标准，则扣款行为违法。
- 若企业无证据支持其扣款行为（如无考勤记录、旷工通知送达凭证等），则扣款行为也可能被认定为违法。
扣除所有工资：
- 旷工扣除所有工资是不合法的。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。除非有法定或约定的正当理由，否则用人单位不得随意扣除劳动者的工资。
三、法律建议
企业端操作要点：
- 建立完善的考勤管理制度，明确旷工的定义、处理程序及后果。
- 确保扣款规则经过民主程序制定，并向员工公示或告知具体条款。
- 扣款前履行告知义务，保留考勤记录、旷工通知送达凭证等书面材料。
员工端注意事项：
- 主动了解企业规章制度，特别是关于旷工和扣款的规定。
- 对旷工认定存在异议时及时申诉，保留考勤异常的相关证据（如系统故障截图）。
- 若认为企业扣款行为违法，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
举例说明：假设某员工月工资为5000元，因旷工一天被企业扣款1000元。若该企业规章制度未公示或未经过民主程序制定，或扣款比例超过了月工资的20%（即1000元超过了5000元的20%），则该扣款行为违法。员工有权要求企业返还超额扣款，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总结：以旷工为由克扣工资是否合法，取决于企业规章制度是否合规、扣款比例是否合理以及是否有证据支持扣款行为。若您对此有疑问或遇到相关纠纷，可以直接向我咨询。